国家的主体功能区划给地理学提出了许多重大的理论问题。功能区不同于以往的差异区,是外部性视角下的产物,强调的是一个区域对于其他区域的作用,而不是它们之间的差异性。提出了外部性定义下区域"空间作用"的特征,以区别于人们通常提到的"空间相互作用",也讨论了"相互作用"概念的模糊性。提出,对"地理运动"的考察可以证实外部性和空间作用,但是这个考察将遇到方法上的困难,因此成为主体功能区划面临的一个重要的基础理论问题。主体功能区划面临的另一个基本理论问题是如何划分不同空间规律作用下的区域边界,强调自然综合体的区域边界遵循的是区域分异规律,而经济发展空间过程遵循的是中心地理论,两者不能混淆。"资源环境承载力"是一个消极的概念,容易忽视人类文明的进步,也没有涉及地表生态环境与地下矿物资源的关系。与资源环境承载力相关的问题是,主体功能区划的价值目标是要实现人口的合理配置。针对这个目标,从理论上讲,过去和现在形成的人口配置基本符合环境承载力的地理格局,从实践上讲,迁移人口会遇到国际政治、国内就业机会、城市体制、民族地区等诸多障碍。