【摘 要】
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目的应用生物信息学软件预测幽门螺杆菌CagA基因编码蛋白的结构和功能。方法从NCBI数据库获取CagA基本的基因信息;应用ProtParam,SignaIP 4.1,TMHMM软件预测CagA基因编码蛋白
【机 构】
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新疆医科大学微生物学教研室,新疆乌鲁木齐,830011;和田师范专科学校生物学教研室;新疆医科大学第一附属医院检验科;克拉玛依市中心医院检验科;山东省医学科学院,山东省寄生虫病防治研究所
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目的应用生物信息学软件预测幽门螺杆菌CagA基因编码蛋白的结构和功能。方法从NCBI数据库获取CagA基本的基因信息;应用ProtParam,SignaIP 4.1,TMHMM软件预测CagA基因编码蛋白的理化性质,信号肽和跨膜区;利用在线软件分析蛋白二级结构,建立蛋白三级结构模型。结果 CagA蛋白共1 172个氨基酸,分子式为C5742H9151N1615O1845S13,其中Ala占7.3%,Arg占9.9%,Val占2.8%。负电荷残基(Asp+Glu)162个,正电荷残基(Arg+Lys)167个,分子质量单位为130 747.31,理论等电点为8.42,不稳定性指数18.53,为稳定蛋白;亲水性平均系数为-0.752,可能具有亲水性;二级结构中α螺旋(Hh)602个,占51.37%;延伸链(Ee)147个,占12.54%;β转角(Tt)99个,占8.45%;无规则卷曲(Cc)324个,占27.65%。结论生物信息学分析幽门螺杆菌cagA基因编码蛋白为稳定蛋白且具有亲水性,可为其抗原性研究和高效表位疫苗的研发提供参考,也为胃癌,胃溃疡,十二指肠溃疡的治疗提供了新的靶标。
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