目的探讨鼻咽刷洗物检测MSH2和RUNX3基因甲基化在鼻咽癌早期诊断及预后判断中的作用。方法选择经病理确诊的鼻咽癌患者54例、慢性鼻咽炎患者18例和健康志愿者20例作为研究对象,运用甲基化特异性PCR检测鼻咽刷洗物中MSH2和RUNX3基因启动子区甲基化情况,评估将其用于诊断鼻咽癌的特异度和敏感度,分析基因甲基化与鼻咽癌患者临床病理特征的关系。结果鼻咽癌患者鼻咽刷洗物MSH2和RUNX3基因甲基化频率分别为70.37%(38/54)和51.85%(28/54),在慢性鼻咽炎患者和健康志愿者中均未检测到MSH2和RUNX3基因启动子甲基化(P<0.001)。鼻咽癌患者鼻咽刷洗物中运用甲基化特异性PCR检测MSH2基因甲基化诊断鼻咽癌的特异度为100%、敏感度70.37%;RUNX3基因甲基化诊断鼻咽癌的特异度为100%、敏感度51.85%;平行联合检测MSH2和RUNX3基因甲基化诊断鼻咽癌的特异度为100%、敏感度90.74%。鼻咽刷洗物中MSH2和RUNX3基因甲基化与患者临床病理特征无显著相关性(P>0.05)。结论运用甲基化特异性PCR平行联合检测鼻咽刷洗物MSH2和RUNX3基因甲基化对早期诊断鼻咽癌有高度特异性和敏感度,具有潜在的临床应用价值,但目前尚不能作为判断鼻咽癌临床预后预测指标。