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以武汉理工大学“材料科学与工程”学科组织结构优化为个案，将其演化过程分为单一学院的初始阶段、学院为主科研基地为辅的建设阶段、学院和科研基地并举的发展阶段、学院和科研基地协同的改革阶段、国际合作的拓展阶段。学科组织结构优化应适应于学科不同发展阶段的需要；建设高水平科研基地是高校优势学科组织结构优化的重要支撑；学院和科研基地协同是高校优势学科组织结构优化的关键；学科组织国际化是高校优势学科组织结构优化的发展方向。