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由于断奶仔猪的消化酶活性还不能达到正常水平，突然将仔猪从吮食味香、易消化、营养俱全的母乳改为采食理化特点、味道、营养成分均不同的饲料，造成肠道对饲料的应激反应，导致肠道损伤，引起消化不良性腹泻。在仔猪哺乳期，胃肠道内的微生物主要是以乳酸菌为主，有助于维持胃肠的消化吸收功能：断奶后，随着饲料的摄入，同时也食入了大量的有害生物。这些有害生物在适宜的环境下大量繁殖，破坏了乳酸菌的主导地位，从而使胃肠功能受到了破坏，引起病理性腹泻。