【摘 要】
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目的通过新的虚拟筛选工具PyRx运行AutoDock Vina,对ZINC数据库的2万个化合物进行虚拟筛选,发现新的HIV蛋白酶抑制剂,并且对新的抑制剂与HIV蛋白酶的结合模型进行探索.方法以
【机 构】
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遵义医学院基础医学院免疫学教研室,昆明医科大学学报编辑部,药学院暨云南省天然药物药理重点实验室
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目的通过新的虚拟筛选工具PyRx运行AutoDock Vina,对ZINC数据库的2万个化合物进行虚拟筛选,发现新的HIV蛋白酶抑制剂,并且对新的抑制剂与HIV蛋白酶的结合模型进行探索.方法以HIV蛋白酶为靶点,通过虚拟筛选程序AutoDock Vina对ZINC数据库的化合物进行虚拟筛选.与以前研究不同的是,本研究通过新的虚拟筛选工具PyRx运行AutoDock Vina.HIV蛋白酶晶体结构(PDB ID:4phv)从PDB下载,通过AutoDockTools对结构进行处理.化合物结构下载自ZINC数据库,通过PyRx导入,处理成pdbqt格式.PyRx运行AutoDock Vina以后,筛选以后的化合物构象导入AutoDockTools进行分析,数据处理用PyMOL完成.结果从大约2万个化合物库中进行高通量筛选,得到1 000个类药小分子化合物的库.再从这1 000个小分子化合物中筛选针对蛋白酶的抑制剂.通过对建立的化合物数据库进行3轮筛选,发现5个高活性的HIV蛋白酶抑制剂.结论 5个新的抑制剂的进一步开发,将对HIV的治疗和基础研究带来帮助.也对药物虚拟筛选和基于结构的药物开发提供新的信息.
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