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采用cDNA末端快速扩增的办法，从孔石莼（Ulva pertusa）中克隆获得质体蓝素基因。该基因完整的cDNA为787bp，包括40bp5’端非编码区和327bp的3’端非编码区，以及一个420bp的开放阅读框架，编码139个氨基酸的蛋白质。该基因编码质体蓝素的前体肽，其N端41个氨基酸残基为信号肽，后面为98个氨基酸残基的成熟肽。从Genbank中选择了13个质体蓝素的前体肽基因进行序列比对分析和构建进化树。孔石莼质体蓝素基因与其它质体蓝素基因的同源性为48．2％至78．8％。该进化树将来源于6种藻类