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本文运用主成分分析法将海南省18个市县的经济发展情况划分为三个层次；运用超效DEA—MaXmquist模型，对第二层次各市县一、三产业发展进行效率评价，得出琼海市第一产业DEA效率值最大、儋州市第三产业DEA效率值最大；运用面板数据模型，构造第二层次市县一、三产业的分层虚拟标杆；将昌江县一、三产业的投入产出向分层虚拟标杆投影，检验分层虚拟标杆的有效性。结果显示：将分层管理思想引入标杆管理理论，建立区域产业分层虚拟标杆，有助于减少错层管理和管理失效，提高管理效率，优化标杆管理的实施过程和效果。