数万年前，发生在现代智人与尼安德特人之间的杂交，在很多方面改变了当今的人类。
　　在距今大约20万～3万年前，在亚欧大陆上生活着今天已灭绝的尼安德特人。比起现代的人类来，尼安德特人个子相对矮小，四肢粗壮。鼻子、眼睛都很大。不过，跟我们一样，他们的肤色已经比较浅淡。这是长期适应高纬度地区生活的结果。此外，他们还有一头直的、红色或金色的长发。
　　我们的直系祖先现代智人，是在距今大约6.5万年前来到亚欧大陆上的，所以在很长一段时间里，他们跟尼安德特人比邻而居。两种人类有充分的时间接触、交往。2010年，基因学家测序了一个尼安德特人的基因组，发现里面的一些基因也同样出现于今天的亚欧人种身上。这说明，现代智人必定与尼安德特人发生过杂交。
　　现在，我们终于明白这些杂交事件的影响了。在一项对1000个人的基因组的调查中，美国哈佛医学院的研究人员发现，尼安德特人的基因通常出现在现代人DNA上变异最快的区域。这意味着，这些基因一直以来都在经受着自然选择。尽管尼安德特人的基因只占我们基因组的1.6～1.8%，但对我们的影响不可小觑。
　　这些基因中，有一个与角蛋白合成有关。角蛋白是一种纤维状的蛋白，构成我们的毛发、皮肤角质层和指甲。我们知道，纯种黑人的头发都是卷曲的。现代智人刚走出非洲时，也该是这个模样。今天的亚欧人种能拥有一头直直的秀发，大概是这个尼安德特人基因的特殊贡献。
　　此外，还有一个叫BNC2基因，涉及皮肤色素的合成。这意味着，亚欧人种较浅的肤色，也要部分地归功于尼安德特人。较浅的肤色在高纬度地区是一大生存优势。因为在阳光不太充足的条件下，较浅的肤色合成维生素D的效率更高，而缺乏维生素D，人易得佝偻病和软骨病。当然，假如没有发生过杂交，随着时间的推移，我们的祖先也能进化出较浅的肤色，但时间肯定要更长一些。
　　杂交只是个别行为，并没有大规模地发生，有人估计，在整个数万年的历史上，仅发生过4例，所以尼安德特人的基因在现代人身上才只占那么一点比例。但因拥有这些基因的个体，有着明显的生存优势，所以能够生存下来，并繁衍扩散开来，以至于今天生活在欧亚大陆上的人，除黑人外，都拥有了尼安德特人的基因。
　　不过，也并非来自尼安德特人的东西都是有益的。调查表明，我们从尼安德特人那里获得的几个基因，会让我们更容易患某些疾病，其中包括Ⅱ型糖尿病、狼疮和克罗恩病（一种慢性肠炎）。
　　此外，一些基因看来还会导致生育障碍。所以，在现代人的X性染色体上，几乎没有来自尼安德特人的基因。