全国统一大市场建设要求刑事司法平等保护民营经济，对经济发展新格局发挥实质保护与社会保障功能。针对平等保护不足之罪名适用缺陷、定性依据欠缺、法定刑裁量基准不明等现状，应充分探寻全国统一大市场建设中的民营经济刑事司法平等保护机理。民营经济刑事司法平等保护的核心价值在于：一是保障民营经济主体自由参与受准入的市场活动，二是构建平等价值保护体系使之与正义价值共同组成法秩序价值有机整体。刑事司法平等保护的价值顺次为“正当经营自由-机会平等-公平竞争”三阶序列，这可以作为涉民营企业产权不法行为入罪的基础。关于刑事司法保护范式的转型，需重视主体本位的正当自由利益保护，关注因需求转变而引起的新型经营管理问题，从综合层面考查侵害民营企业产权犯罪的社会危害性。在全国统一大市场建设中的民营经济刑事司法平等保护路径构建上，需明晰失职、渎职、背信行为罪名适用的法益构成，证立民营企业高管违法使用经营管理权的入罪依据，明确同类犯罪法定刑适用的基准,以期实现规制形式与实质保护的统一。