目的了解湖南省C群和W135群脑膜炎奈瑟菌的流行病学及病原学特征。方法收集2006—2016年湖南省流行性脑脊髓膜炎患者的血液或脑脊液、患者密切接触者以及健康人群的咽拭子标本中分离到的脑膜炎奈瑟菌菌株,进行生化检测、血清学分群。选取其中的C群和W135群部分菌株进行药敏试验,并采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型以及多位点序列分型(MLST)方法对菌株进行分子分型,分析其流行病学特征。结果经生化和血清学确认后,选取22株C群脑膜炎奈瑟菌和9株W135群脑膜炎奈瑟菌进行药敏试验,结果显示对大部分检测抗菌药物全部敏感,但对复方磺胺甲口恶唑C群菌株全部耐药,而W135群菌株的耐药率为55.56%,两者比较差异有统计学意义(χ~2=7.61,P=0.006)。经PFGE分型后,22株C群脑膜炎奈瑟菌共分为5种PFGE带型,其中5株HNC-01带型和13株HNC-02带型属同一亚型;2006年湖南省第1例C群患者分离菌株的PFGE带型为HNC-02,与2012、2013年患者以及患者密切接触者分离菌株的图谱完全一致,与带型为HNC-01的2008、2010、2013年的患者分离菌株仅有一个带型的差异,均属于优势带型。9株W135群脑膜炎奈瑟菌PFGE分型后共分为2个带型,其中首例患者与2013、2016年患者分离菌株的带型一致,均为HNW-01型。选取其中优势带型菌株经MLST后,结果 C群脑膜炎奈瑟菌为ST4821型,W135群脑膜炎奈瑟菌为ST11型,均属于脑膜炎奈瑟菌的高致病性克隆群。结论湖南省C群流脑和W135群流脑自首例病例出现后,各自都成为了该群病例的优势流行克隆群,C群流脑近年有减少态势,但出现了新的流行型别;W135群自2012年起成为我省新的流脑流行株,其优势菌株与国际上侵袭性的W群分型一致,可能引起新的大流行,应及时制定相应的防控政策。