根据禅宗史籍的记载,禅门五家中最早形成的沩仰宗的问世,标志着祖师禅的形成。此后,禅宗五家的禅师们高举“不立文字,教外别传,直指人心,见性成佛”的旗帜,反对传统佛教的持戒、诵经、念佛、坐禅的修持方式,强调任其自然,自性自悟,扬眉瞬目,机锋棒喝,甚而呵佛骂祖,各立门庭,宗风竞秀。在唐末五代和北宋时期,祖师禅蔚然成风,盛极一时,一度成为禅宗的主流,影响广泛而深远。
　　沩仰宗创始人仰山慧寂首次提出了与如来禅相区别的祖师禅的名称,并把如来禅与祖师禅对举,以示祖师禅在层次上高于如来禅。《景德传灯录》卷11载:“师(仰山慧寂)问香严:‘师弟近来见处如何?’严曰:‘某甲卒说不得。乃有偈曰:去年贫未是贫,今年贫始是贫。去年无卓锥之地,今年锥也无。’师曰:‘汝只得如来禅,未得祖师禅。” 慧寂的这种评论或许认为香严从无立锥之地到无锥的觉悟方式是渐悟而不是顿悟,所以还不是祖师禅。后来香严智闲在与慧寂的谈话中说了一个偈诵:“我有一机,瞬目视伊。若人不会,别唤沙弥。” 意思是说,我的心灵眨眼间就能直觉到佛法,若不会这种禅法,就连沙弥都不如。慧寂听后说:“且喜闲师弟会祖师禅也。”很明显,慧寂认为,超越分别、当下顿悟才是祖师禅的特质所在。仰山之后,许多禅师都把将如来禅与祖师禅的对比,作为参禅悟道的修行方式。例如石霜楚圆评论香严的悟道偈“一击忘所知,更不假修治”时说,悟是悟了,但仍然有言语知解,所以还是“向言中取”的如来禅,而不是离言绝相、当下即是的祖师禅。
　　后来,禅师们还进一步提出过祖师关的修行方法,强调修禅的人必须参透祖师禅机的关门,领悟祖师禅法的关口。《无门关》曰:“参禅须透祖师关,妙悟要穷心路绝。祖关不透,心路不绝,尽是依草附木精灵。且道,如何是祖师关?只是一个无字,乃宗门一关也。”意思是说,“无”字是祖师关的核心问题,这个“无”字,就是无一切相对分别,无一切差别相。所谓过祖师关就是要超越一切言语分别,灭除思维意识,心穷路绝,超越对待,截断众流,只有这样,才能当下悟入,才算达到了祖师禅的境界。同时,为了证明祖师禅的正统性和悠久历史,禅门还相继提出了后来众所周知的“拈花微笑”的公案和西天二十八祖的传承次第,“如何是祖师西来意”的提问,更成为祖师禅验证禅人开悟与否的重要机语。
　　概而言之,祖师禅的特点主要有如下几个方面:一是主张当下顿悟,凡是倡导渐悟的,就不是祖师禅。二是强调不立文字,教外别传,凡是主张经教、知解落于言诠的,都不是祖师禅。三是提倡参透祖师关,截断一切思维分别。四是以心传心,师资相承,凡不属东土六祖惠能禅系的,不能列入祖师禅。总体来说,只有既主张当下顿悟,又强调不立文字,教外别传的,才是祖师禅。
　　到两宋之际,从禅门五家的曹洞宗中演变出提倡寂寞打坐为特色的默照禅,与从临济宗中演化出来的以参话头为特点的看话禅相对立,从此终结了祖师禅一枝独秀、主导禅宗天下的历史。