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同工酶是基因表达的直接产物，反映了编码蛋白质的DNA序列信息。利用同工酶分析技术不仅能区分紫菜叶状体的不同同工酶特征，而且能表现微型孢子体（丝状体）同工酶特征，利用不同种类和不同品系的紫菜丝状体的同工酶谱进行遗传多样性分析，对紫菜种质鉴定、遗传图谱的构建、寻找紫菜遗传多样性中心地区、筛选优良品种、进行种质改良研究都具有特别重要的意义。