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基于高通量测序及宏基因组分析法对采自贵州遵义县枫香镇、湖南慈利县零阳镇、四川旺苍县木门镇3个产地的杜仲树皮内生真菌的群落组成及生态功能结构进行分析。从所试样本中共获得内生真菌有效序列110 865条,聚类后OTUs对应的真菌类群涉及子囊菌门Ascomycota、担子菌门Basidiomycota、接合菌门Zygomycota的10纲、25目、41科、57个属的74种真菌。其中,四川旺苍样本(EWP)中优势属为丛赤壳科Nectriaceae中的未定属,相对丰度为55. 03%。湖南慈利样本(ECP)中优势属为子囊菌门Ascomycota中的未定属,相对丰度为40. 23%。贵州遵义样本(EZP)中优势属为扁孔腔菌属Lophiostoma,其相对丰度为47. 15%。α多样性分析表明,不同产地杜仲树皮内生真菌Shannon多样性指数从高到低依次为ECP(1. 340 2)>EZP(1. 380 4)>EWP(1. 168 3); Simpson多样性指数从高到低依次为,EWP (0. 427 3)> EZP (0. 332 5)> ECP (0. 313 6)。经FUNGuild软件平台解析,3个产地的杜仲树皮内生真菌包含14个生态功能群,即植物病原菌群、动物病原菌群和内生真菌群等,3产地杜仲样本的共有功能群数达到8个,超过了总数的二分之一。对杜仲皮内生真菌群落与4种活性成分进行了相关性分析,发现在四川旺苍样本(EWP)中,松脂醇二葡萄糖苷及绿原酸含量与内生真菌中大卫氏菌科Davidiellaceae中的未定属、被孢霉属Mortierella、毛壳菌属Chaetomium和拟盘多毛孢属Pestalotiopsis有不同程度的正关联。