1919年4月，北京大学提前实行教务长制，取消文理科学长，新文化主将陈独秀因此基本脱离北大。在胡适给汤尔和的信件中，胡适感叹蔡元培和汤尔和不免“狭隘”，汤尔和的回信也称“以陈君当年之浪漫行为置之大学，终嫌不类，此乃弟之头巾见解，迄今犹自以为不谬”。如此说来，蔡元培竟是完全因为小报宣扬、汤尔和举报的陈独秀“私德太坏”而撤去文科学长，这未免让人有点难以相信。
　　陈独秀喜欢逛窑子，新老朋友大约没有不知道的。陈独秀来北大任文科学长，是由汤尔和推荐，蔡元培力邀，而且答允陈将《新青年》“带到北大来办”。难道陈独秀的私德，是在这一年多时间内变坏的么？
　　蔡元培到北大一年后，重新发起了民国元年吴稚晖、李石曾、汪精卫等组织的“进德会”。进德会的设置有多重含义。蔡元培非常重视这个组织，他甚至向进德会的两名发起者吴稚晖、汪精卫发出来北大任教的邀请，意在“延聘学生之模范人物，以整饬学风”，或“以真正之国粹，唤以青年之精神”。
　　蔡元培本人持身方正，故甲种会员即要求“不嫖、不赌、不娶妾”。在蔡的号召下，北大多数教员都参加进德会，陈独秀亦不例外，加入为甲种会员。进德会成立后，果然产生了宣传的效果，“颇惹时人之注意，不特京沪各报曾转载宣言书而评论之”，连东京《日支时论》都将宣言译出，并加引言表示敬佩之意。
　　但从胡适信中可知“嫖妓是独秀与浮筠都干的事”，浮筠即北大理科学长夏元瑮。北京大学两位学长都热衷此道，进德会规条约束力如何，可想而知。（顺便插一句，蔡元培本人是乙种会员，即在甲种会员规条之外，另加“不作官吏、议员”两条。蔡元培说这是为了“教育者专门之业学问者，终身之事委身学校，而索情阁院用志不纷之谓”，用现在的话说，就是拒绝大学行政化。）
　　进德会规条束缚不了教员，蔡元培也只好听之任之。就在辞退陈独秀的八九天之前，蔡元培还在答林纾的公开信中宣称：“嫖、赌、娶妾等事，本校进德会所戒也，教员中间有喜作侧艳之诗词，以纳妾、狎妓为韵事，以赌为消遣者，苟其功课不荒，并不诱学生而与之堕落，则姑听之。”如果蔡元培要以私德规范教员，早就可以出手，为什么要等到这时才展现“头巾见解”？
　　傅斯年的回忆提供了另一种说法：“北洋政府对蔡先生大施压力与恫吓……有一天晚上，蔡先生在他当时的一个谋客家中谈此事，还有一个谋客也在。当时蔡先生有此两谋客，专商量如何对付北洋政府的。其中那个老谋客说了无穷的话，劝蔡先生解陈独秀先生之聘，并要约制胡适之先生一下，其理由无非是要保存機关、保存北方读书人一类似是而非之谈。”
　　“谋客”应指汤尔和与沈尹默。虽然傅斯年称蔡元培拒绝了汤尔和的建议，但从后来事实的发展来看，蔡元培至少部分接受了这个办法。北洋政府显然不会因为陈独秀“私德太坏”而给予北京大学压力，只有从新旧论争波及北大的角度才能理解蔡元培这一举动。
　　作为对陈独秀的补偿，蔡元培仍聘其为教授，并给假一年。汤尔和日记中记载4月11日“途中遇陈仲甫，面色灰败，自北而南，以怒目视”，反映出陈独秀对校方的决定甚为不满，不过陈始终未在公开场合对北大有任何微词，看来他也能够理解蔡元培的苦衷。
　　胡适与傅斯年对此事记述的歧异，可以理解为：蔡元培迫于内外压力，不得不作出妥协，但是他不愿北京大学独立办学的形象受到破坏，也不愿陈独秀的去职被看作北京大学对新文化的压制，故以陈独秀个人行为与进德会规条相违背为借口，给校内校外一个可以接受的解释。明显陈独秀去职有丢卒保车之意。