【摘 要】
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多聚腺苷酸化是真核细胞内形成成熟mRNA的一个重要步骤,其位点的预测对基因组序列中编码基因的发掘具有重要的参考价值.本研究以缺乏有效基因预测方法的微孢子虫基因组为对象
【机 构】
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西南大学计算机与信息科学学院; 西南大学生物技术学院家蚕基因组生物学国家重点实验室; 西南大学教师教学发展中心;
【基金项目】
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国家自然科学基金面上项目(31371055);中央高校基本业务费专项资助项目(XDJK2015A010)
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多聚腺苷酸化是真核细胞内形成成熟mRNA的一个重要步骤,其位点的预测对基因组序列中编码基因的发掘具有重要的参考价值.本研究以缺乏有效基因预测方法的微孢子虫基因组为对象,根据该物种的基因表达偏好设计了一个算法,对其PolyA位点进行预测分析.首先,采用k阶核苷酸频率形式和位置权重矩阵形成初始的特征,然后用PCA降低特征空间的维数,得到的数据用机器学习方法进行分析,产生一个较好的分类结果.其中基于支持向量机的实验得到的敏感度(Sp)和ACC分别达到了87.33%和85.14%,这在微孢子虫的PolyA位点预测上取得了较为理想的效果,并为以后机器学习算法在微孢子虫基因预测领域做了很好的尝试.
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