【摘 要】
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目的探讨基于成簇规律间隔的短回文重复序列（CRISPR）1上游侧翼序列对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。方法通过BLAST重复序列识别并获得全基因组测序大肠埃希菌和志贺菌的CRISPRs和CRISPR相关基因（CRISPR-associated，cas），并分析其种系；选取CRISPRs上、下游各500 bp侧翼序列，使用Clustal X进行序列比对；采用PCR方法扩增CRISPR1上游侧翼序
【机 构】
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453003 新乡医学院公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室；453003 新乡医学院分子诊断与医学检验技术河南省协同创新中心,453003 新乡医学院公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室；45300
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目的探讨基于成簇规律间隔的短回文重复序列（CRISPR）1上游侧翼序列对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。
方法通过BLAST重复序列识别并获得全基因组测序大肠埃希菌和志贺菌的CRISPRs和CRISPR相关基因（CRISPR-associated，cas），并分析其种系；选取CRISPRs上、下游各500 bp侧翼序列，使用Clustal X进行序列比对；采用PCR方法扩增CRISPR1上游侧翼序列，以确定其对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。
结果73.4%（149/203）的大肠埃希菌存在I-E型CRISPR/Cas系统，包含了A、B1、D种系；8.4%（17/203）的大肠埃希菌存在I-F型CRISPR/Cas、17.2%（35/203）的大肠埃希菌不存在CRISPR/Cas，这2种大肠埃希菌均属于B2种系；9株志贺菌均存在I-E型CRISPR/Cas。在大肠埃希菌（B2种系外）、志贺菌CRISPR1上游和大肠埃希菌（B2种系）各存在61 bp侧翼序列，序列一致性为99%，且有种属特异性，PCR扩增此区域鉴定大肠埃希菌和志贺菌的灵敏度和特异度均>91%。
结论基于CRISPR1上游序列可用来鉴定大肠埃希菌和志贺菌，且具有很好的效果。
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