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一九九七年，也就是丸山真男去世一年后，与丸山有过三十多年学术交集却后悔当年未能有意识与之对话的石田雄，整理出版了一部丸山的遗作—《战中备忘录》。在“解说”中，石田试图通过丸山对自己特殊经历的回忆，来深入了解这位政治学家的内心世界和学术背景。为此石田重描了丸山的两次军旅生涯，即一九四四至一九四五年的军队服役过程。正因为丸山同时拥有过普通内务班和司令部情报班这两种生活体验，他才能从上到下地了解和掌握帝国陆军的整体结构。又由于丸山声称其军队经历“是无法替代的珍贵体验”，于是石田推断，退役后，丸山当全面运用了他的两次军队体验，即半年后，当被注入主权在民、放弃战争内容的《新宪法草案要纲》刚刚出台时，他便完成了《超国家主义的逻辑与心理》一文。石田认为，这刚好是形成于他军队生涯的最后体验基础上的;而透过“战争原本是手段，但已经失去了作为手段的意义”等讲法，石田还进一步推测说：“丸山写到这里时，脑中浮现出的无疑是一九四五年八月原爆的情景。”
事实上，石田所读到的，只是一篇仅四千字（日文）的浓缩版报道〔《二十四年目に語る被爆体験：東大教授丸山真男氏（当時一等兵）の「思想と行動」》〕。可当该报道的原型，即采访者林立雄对丸山真男的口语式采访记录被原貌收入二00八年版的《丸山真男话文集》时，人们才发现，这篇日语原文达一万七千余字的原稿，竟披露出那么多之前鲜为人知的细节〔丸山真男：《二十四年目に語る被爆体験》，林立雄（聞き手）取材，丸山真男手帖の会編：《丸山真男話文集》一〕。而且，接受采访时丸山本人的兴奋程度，超乎常人想象。一九六九年八月三日下午，林立雄来到位于东京的一家医院，现场采访了肝病治疗中的丸山。开始时，丸山是躺在病榻上的。可当话到兴头时，他突然半身起坐，特别当讲到原爆后一直被他保留在身边的那些照片时，丸山整个人都站了起来，医生所规定的一小时采访时间也被延迟至两小时。
相关记载显示，丸山确曾说过原爆与学术研究的关系问题。他明确讲：“我谈过战争，但没有论及过原爆。我见闻过躺在司令部前面的尸体和凄惨的哀鸣。尽管如此，这件事或许只被我放入了头脑里，或者收进了潜意识中，连我自己也不明白为什么会是这样。总之，直到比基尼岛发生核辐射之前，我都没有对原爆进行过深入的思考。这是我需要做出的一个忏悔。”林立雄的采访，还记下了事情的经过和细节：“问：您在广岛待到什么时候？丸山：九月中旬，确切地说，是九月中旬过后。总而言之，那时已乱成一片，先是苏联参战，接着就是八月十五日了。还有就是武器引渡等一个个大事件纷至沓来，忙得昏天黑地。正因为如此，我在忏悔，自己为什么没有对原爆的意义做过一些更深入的思考呢？当然有各种各样的原因，但其中之一，仍是与原爆同时到来的日本败降、美军登陆以及日本今后该怎么办等一系列大事有关，正因为这些大事都集中在了一起，我的注意力，也就被这些事情给彻底分散掉了。比方说，原爆与我个人密切相关的一点……就是八月十五日那天，因战争结束我感到自己已经获救。当然，美军登陆后，我也想到过要与之抗争到底，但毕竟，我的感觉仍然是自己获救了。还有一个重要原因，就是这之后第三天，我接到了一封电报，上面写着：‘母亲病故葬礼已妥善料理父親。’（母亲的忌日为十五日）一瞬间，我那点战后的喜悦，竟被一吹而散！因为这意味着，我即使回到东京，也不可能再见到母亲了，真是名副其实的死别啊。现在想起来，带着这份悲伤，我自然也无暇去更多考虑原爆问题本身了。”不仅如此，丸山还谈到过所谓“失忆”问题：“我那天（指原爆当日—引者注）都干了什么，几乎全没有了记忆”，“后来，在我回忆接下来一周所发生的事情时，八月六日那天我都做了什么，真的是完全记不住了。仿佛悲惨的广场已整个被掩埋—这一情景，已成了我的最后记忆—我失忆了”。
这些不啻为对“忏悔”原因的补充说明，使他在面对其他提问时也只能给出不太令问方满意的回答：“问：您现在是如何思考的呢？原爆体验对于您的思想形成具有怎样的意义呢？丸山：这一点嘛，有人硬要做出意义附会甚至编造事实我也没有办法，不过他们倒一直希望这种说法能在我这里发酵。可除了能让这些积存起来的东西发酵外，却并未发生真正的问题。”当被问起以下个案时，他也只能给出模糊的回答：“问：先生遭遇原爆的事，海外的朋友可曾知道？此事在大作《现代政治的思想与行动》的英文版（O x f o r dUniversity Press， 1963）作者介绍中被提及过。丸山：从（编辑部加注的）书皮上看，似乎都写着呢。居然能写到书皮上，这是我没有想到的。但对方讲，是部长写上的。在短短的数行介绍文字里竟特别写上我的被爆者身份，书出版后着实让我吃了一惊。”
实际上，早在广岛原爆前四年，丸山即已通过苏联的一个报道知道了战争的结果并对此深信不疑：“《真理报》曾预言，（四一年）十二月八日的‘那场战争，日本必败’！”尽管如此，他仍未想到美国人会用杀伤力如此巨大的武器来结束这场战争。面对日本所遭受的史上第一次也可能是人类最后一次的核打击，丸山的心情是复杂的，情绪也不能自持。他尽管平素很少提及原爆体验，“然而，当我去美国说起遭遇原爆的情景时，却是十分认真的”。他认为：“关于原爆，日本无论有怎样强烈的主张，我们日本人无论说什么，他们都不会反驳。对此，我尝试过多少次了。日本人做这样的发言时，听众也都认为日本人说的是对的。所以，在这一点上，我觉得，我们的自我主张还显得很不够。”“战争的惨祸并非是单纯的一页。如果战争的惨祸真的就是单纯的一页，那么，今天就不会还有新的原爆症患者的出现，也就不会有长期的患者以至于二代被爆者今天仍会死于白血病的现实。战争虽然结束于二十四年前，但这一‘现实’却直到今天仍然持续着。对东京而言，战争惨祸已成为过去，但在广岛，却每天都在发生，也每天都在被原爆。”他暗示，让事实上已是强弩之末的日本军国主义通过其他方式降服，或许比美国人的“无差别杀戮”要人道些。
由于丸山有过特殊而短暂的军旅生涯特别是原爆体验，因此，人们在分析其学术思想体系所赖以形成的背景时，多喜欢把眼睛盯住这一点且穷追不舍，以为该体验当中应该蕴藏着丸山日后全部学术研究的立足点。然而，丸山本人对这类追问的欲言又止、含糊其辞甚至在许多场合不得不公开否定等态度表明，丸山的原爆体验对他后来的研究，尽管形成过隐形的推力，这从他接受记者采访时常常会超时大谈甚至激动或难过得无以自控等表现上不难窥见，但丸山之所以还是不同意学界对他学术思想的由来问题去管窥蠡测，问题当出在两个时间有别、性质各异的“战中”概念上。 丸山的“战中”，是从“九一八事变”到“八一五败战”的整整十五年，即日本军国主义所发动的“满洲事变”“日华事变”“大东亚战争”和“太平洋战争”的全过程;而庸常所理解的“战中”，则多半是日美交战至日本败战的三四年，且以为对丸山而言也仅仅是其“军队体验”一年不到的时间乃至于原爆瞬间。丸山把他在参谋部情报班期间的外电内容记录命名为《战中备忘录》，或许也在形式上给关注者造成过一定的误读。这里所谓“战中”，在日语中又称“战时”。一九四一年十二月十二日日本国“阁议决定”的表述是：“一、伴随此次对美英战争及今后形势之推移而发生之战争，包括支那事变在内，统称为大东亚战争;二、关于薪饷、刑法之适用诸事，平时与战时之分界时期以昭和十六年十二月八日午前一时三十分为准。”日本政界和学界的许多人，多年来亦一直承袭第二点分法，即日本的所谓“战中”，一般多指第二次世界大战（太平洋战争）而言，即从一九四一年十二月八日（美国当地时间为十二月七日）的珍珠港攻击到一九四五年八月十五日战争终结这一时段。吊诡的是，这种只把“太平洋战争”视为“战中”的观念，后来还与美国的作用密不可分。一九四五年十二月十五日，盟军总司令部（ GHQ ） 发布了“神道指令”。在这道命令中，“大东亚战争”的提法遭到禁止，“太平洋战争”的概念被推向前台。而且，即便到GHQ已完成使命的一九五二年四月以后，“大东亚战争”的概念，亦未尝复活（由井正臣：《占領期における「太平洋戦争」観の形成》等）。这显然已直接影响到学者们对那场战争的措辞：前述丸山真男发表于一九四六年五月的论文—《超国家主义的逻辑与心理》之所以使用“太平洋战争”而未用“大东亚战争”，应该是忌惮于那道“神道指令”的结果;而他在文中依然敢使用“支那事变”一词，则是因为这种表达方式尚未被GHQ 纳入禁忌（松本健一：《丸山真男：八一五革命伝説》）。美国人之所以要废止“大东亚战争”的提法而代之以“太平洋战争”，除了嫌恶日本军国主义引以为荣的亚洲殖民扩张行径外，显然还有强调美国对日宣战的决定性意义的考虑。但是，日本所发动的原本包括侵略亚洲在内的所谓“大东亚战争”，却因为易名的关系，不仅使战争的时间和空间被人为地缩短和收窄，而且，战争本身也变成了一场只对美国的战争。这就意味着，在日本人心目中曾经有过的“加害”亚洲的历史，在如此设计下亦极易被有意无意地淡忘掉（焦兵：《访韩东育：拨开近现代日本对外战争的迷雾》）。然而，丸山显然已把日本的侵华战争纳入到他的“战中”时空内，而“支那事变”云者，除了为瞒过GHQ 的书报检查外，其实也是对美国人不让再提的“大东亚战争”的一种隐蔽性表达。正因为此“战中”非彼“战中”，所以那种试图通过丸山的原爆体验来捕捉其整体学术背景和走向的想法，大多也只能流为猜测和推理（石田雄：《丸山真男との対話》）。事实上，丸山的名著《战中与战后之间》及其在别处的发言，都较为清晰地表达过他是“十五年战争”论的主张者态度：“在我入学旧制一高的一九三一（昭和六）年九月，所谓‘满洲事变’（‘九一八事变’—引者注）爆发了，这是十五年战争的开始。那些只仰赖于文献的现代史研究者，经常会受到这样的质疑，即‘满洲事变（或“柳条湖事件”）果真构成过如此重大的时代转机吗？若比起后来的卢沟桥事变，前者似乎不应该被认为曾引发过划时代的变化吧？……’毋庸讳言，全部历史都是一步步向前推进的，日本的军国化亦非例外。可根据我的实际见闻，我仍认为‘满洲事变’是一个重大的转机”，因为此后，“始于《凡尔赛和约》的国际协调主义时代已经终结，代之而起的已是民族主义时代”，（当东京剧场中出现日中上海交战的英雄形象“三勇士”在轰然的爆炸声中消失时）“相当多的观众从座位上跳了起来并连呼‘万岁’，全场也到处都是挥动日本国小旗的人。就是说，至少，为了配合现场的‘万岁’呐喊，观众来剧场前已事先准备好了小旗子”，这种“大众的民族主义昂扬情景，给我留下了深刻的印象”（丸山真男：《昭和天皇をめぐるきれぎれの回想》）。
实际上，丸山真男的“十五年战争观”，在感性的体验上，形成于与日本对外侵略过程起伏相伴的国内政治恶变中;而在理性的概括上，乃在十五年恶行积累必然会招致灭顶之灾的国际公法判决的结论中。有学者指出：“（丸山）入学旧制第一高等学校时，是‘满洲事变’发生的一九三一年。一九三四年毕业后，升学至东京帝国大学法学部，日中战争（当时称‘支那事变’）开始时即一九三七年毕业，遂成为法学部助手。完成助手论文后，于日美开战前一年的一九四0年晋升为法学部副教授。这意味着，他的学业经纬几乎与日本战争和随之而来的國内法西斯化过程同时，也表明丸山的为学环境已日益恶化。”（都築勉：《丸山真男への道案内》）这段话，把丸山真男的求学和早期治学过程还原到日本军国体制高峰期的“九一八事变”“侵华战争”“大东亚战争”和“太平洋战争”之整个黑色幕布下。这其实也在暗示某些丸山的研究者，那些就事论事的个案式推断和纯学理式的观念探讨，可能会因为忽略其学术思想的大背景，特别是他一贯始终的出发点和归结点，而只能徒增几篇捉襟见肘的“摸象者”文。
在“一高”二年级快结束时（一九三三年四月），丸山参加由父亲好友、长谷川如是闲组织的唯物主义研究会讲演会时，遭到了特高课的逮捕。在拘留所中，他不但受尽了人格侮辱和精神摧残，甚至直到战争结束前，“丸山真男”四个字都一直被记录在特高和宪兵的黑名单里（丸山真男：《一哲学徒の苦難の道》）。让他难忘的是，该时期，他在“一高”阶段的痛苦遭遇，居然被演绎成一场全国范围的政治整肃运动。丸山曾把昭和八年（一九三三）视为多重意义上的“划时代”年份。这一年，包括他在内，《治安维持法》下的被整肃人员数量竟多达四千四百八十一人！其中，一月份，无产阶级作家小林多喜二被虐杀;五月，被称为“赤化教授”的旧制京都帝国大学自由主义刑法学家泷川幸辰遭到停职处分，丸山就读于京都大学经济学部的哥哥丸山铁雄也被卷入这场大规模的抗争运动中;六月，入狱的佐野和锅山发表了“转向”宣言……这意味着，一个“大转向时代已被拉开序幕”（丸山真男：《南原先生と私―私個人の戦中·戦後の学問の歩み》）。在大学，这场运动能如此旷日持久，是因为官方在整肃人的同时还必须清理大学教学中的学术和思想，范围包括马克思主义、自由主义和立宪主义等。具有讽刺意味的是，在这个“史上最恶的受难时代”即“大学遭难期”，一向被官方视为“优秀分子云集”的东京帝国大学，亦难以幸免（丸山真男：《南原先生を師として》）。一九三五年法学部教授美浓部达吉的“天皇机关说”（即天皇不过是宪法下的最高统治机构）事件，一九三七年即“卢沟桥事件爆发”和“日中战争发生全面化重大转机”那年经济学部矢内原忠雄教授的辞职事件，翌年同学部教授大内兵卫、有泽广巳、胁村义太郎等一道被检举后的纷纷停职事件，一九三九年东大平贺让总长“平贺肃学令”下达后同学部土方成美、河合荣治郎的停职事件以及丸山亲历的津田左右吉处分事件等，竟排山倒海般纷至沓来，无法抵御（丸山真男：《南原先生を師として》）。 发生在以天皇为国体的极权主义体制下的“超国家主义”恶行，不但给被侵略国带去了深重的灾难，也给日本国民特别是追求民主自由的知识界造成了难以平复的“精神内伤”。这些不肯被官方纳入“战中”状态的对外屠戮和对内整肃事件，均无法逃脱丸山的挞伐和反省范围。他呼吁：对于外部，日本国民至少在给中国人生命、财产和文化所造成的严重破坏面前，不能全部免责;对于内部，倘若可以对“昨日”迎合邪恶统治者的国民免却罪责，那么，也就不要指望他们还会对“明天”的邪恶支配势力去做积极的抵抗（丸山真男：《戦爭責任論の盲點》）。在他看来，最应被问责的，其实是天皇。远东军事裁判没有这样做，显然不是依法办事的结果，而是政治考量的产物。然而，一个“大日本帝国”的主权者、政权总揽者、大臣任免者、统帅权掌握者和终战决定者，居然可以对日本数十年政治进程及其后果没有责任，这即便在政治伦理的常识上，也无法被接受。有人以政治傀儡为由为天皇开脱，但战争期间的天皇却并非傀儡。对一个并非傀儡的最高权力者免究战争责任，那么，那些盲目盖印的大臣之责又从何谈起呢？问题的要害还在于，天皇只负道德责任的论调中有哪些国际政治的原因另当别论，关键是日本人如何看待之。可怕的是，在国民的心目中，天皇本身已被视为“非政治的”或“超政治的”存在。如果说，将自身地位粉饰成非政治存在却能发挥最大政治功能的手法已构成日本官僚制的传统机密，那么，这一机密之集中体现者，便正是位处官僚制顶端的天皇。这意味着，确认并继续追究天皇个人的政治责任，直到今天依然是剔除日本民主化之不治之症——官僚统治方式及其精神基础的紧要课题。对此，天皇承担责任的唯一方式，就是“退位”。实际上，天皇对皇位的蒙混恋栈行为，才是战后“道义颓废”的主要原因。而人们必须认真思考的问题是，这种放任，很快就可能变成不知廉耻的日本帝国诸神死灰复燃的先兆（丸山真男：《戦爭責任論の盲點》）。
“十五年战争观”，显然并不是丸山一个人的主张，其他诸如鹤見俊辅（《知識人の戦争責任》）、家永三郎（《太平洋戦争》）、黑羽清隆（《日中十五年戦争》）、伊藤隆（日本の歴史30《十五年戦争》）、今井清一（《十五年戦争と東アジア》）、江口圭一（《十五年戦争小史》）、藤原彰（《十五年戦争史》）以及主张“十四年战争观”的秦郁彦（《昭和史を縦走する》）等，均有是论。但是，从对于邻国人民强暴史和本国精神蹂躏史的角度，把十五年战争视为天皇制为恶之渐、将原爆和“八一五”看作天皇制为恶之终的“十五年战争观”，却表现出丸山迥异于那些纯学理研究者的特别处。“八一五”之时丸山所谓“有种获救的感觉”以及《超国家主义的逻辑与心理》一文的最后一句，即“给日本帝国主义打上终止符的“八一五”这一天，也将是作为超国家主义整个体系基础的国体丧失其绝对性并从此将国运托付给首次成为自由主体之日本国民的日子”等结论，仿佛在证明一个不无反讽的看法：“麦克阿瑟（以及战后许多美国人）似乎认为，日本的错误仅仅在于它拒斥了‘现代’，而美国要做的，是把它重新拉回‘文明’。”
事实上，石田所读到的，只是一篇仅四千字（日文）的浓缩版报道〔《二十四年目に語る被爆体験：東大教授丸山真男氏（当時一等兵）の「思想と行動」》〕。可当该报道的原型，即采访者林立雄对丸山真男的口语式采访记录被原貌收入二00八年版的《丸山真男话文集》时，人们才发现，这篇日语原文达一万七千余字的原稿，竟披露出那么多之前鲜为人知的细节〔丸山真男：《二十四年目に語る被爆体験》，林立雄（聞き手）取材，丸山真男手帖の会編：《丸山真男話文集》一〕。而且，接受采访时丸山本人的兴奋程度，超乎常人想象。一九六九年八月三日下午，林立雄来到位于东京的一家医院，现场采访了肝病治疗中的丸山。开始时，丸山是躺在病榻上的。可当话到兴头时，他突然半身起坐，特别当讲到原爆后一直被他保留在身边的那些照片时，丸山整个人都站了起来，医生所规定的一小时采访时间也被延迟至两小时。
相关记载显示，丸山确曾说过原爆与学术研究的关系问题。他明确讲：“我谈过战争，但没有论及过原爆。我见闻过躺在司令部前面的尸体和凄惨的哀鸣。尽管如此，这件事或许只被我放入了头脑里，或者收进了潜意识中，连我自己也不明白为什么会是这样。总之，直到比基尼岛发生核辐射之前，我都没有对原爆进行过深入的思考。这是我需要做出的一个忏悔。”林立雄的采访，还记下了事情的经过和细节：“问：您在广岛待到什么时候？丸山：九月中旬，确切地说，是九月中旬过后。总而言之，那时已乱成一片，先是苏联参战，接着就是八月十五日了。还有就是武器引渡等一个个大事件纷至沓来，忙得昏天黑地。正因为如此，我在忏悔，自己为什么没有对原爆的意义做过一些更深入的思考呢？当然有各种各样的原因，但其中之一，仍是与原爆同时到来的日本败降、美军登陆以及日本今后该怎么办等一系列大事有关，正因为这些大事都集中在了一起，我的注意力，也就被这些事情给彻底分散掉了。比方说，原爆与我个人密切相关的一点……就是八月十五日那天，因战争结束我感到自己已经获救。当然，美军登陆后，我也想到过要与之抗争到底，但毕竟，我的感觉仍然是自己获救了。还有一个重要原因，就是这之后第三天，我接到了一封电报，上面写着：‘母亲病故葬礼已妥善料理父親。’（母亲的忌日为十五日）一瞬间，我那点战后的喜悦，竟被一吹而散！因为这意味着，我即使回到东京，也不可能再见到母亲了，真是名副其实的死别啊。现在想起来，带着这份悲伤，我自然也无暇去更多考虑原爆问题本身了。”不仅如此，丸山还谈到过所谓“失忆”问题：“我那天（指原爆当日—引者注）都干了什么，几乎全没有了记忆”，“后来，在我回忆接下来一周所发生的事情时，八月六日那天我都做了什么，真的是完全记不住了。仿佛悲惨的广场已整个被掩埋—这一情景，已成了我的最后记忆—我失忆了”。
这些不啻为对“忏悔”原因的补充说明，使他在面对其他提问时也只能给出不太令问方满意的回答：“问：您现在是如何思考的呢？原爆体验对于您的思想形成具有怎样的意义呢？丸山：这一点嘛，有人硬要做出意义附会甚至编造事实我也没有办法，不过他们倒一直希望这种说法能在我这里发酵。可除了能让这些积存起来的东西发酵外，却并未发生真正的问题。”当被问起以下个案时，他也只能给出模糊的回答：“问：先生遭遇原爆的事，海外的朋友可曾知道？此事在大作《现代政治的思想与行动》的英文版（O x f o r dUniversity Press， 1963）作者介绍中被提及过。丸山：从（编辑部加注的）书皮上看，似乎都写着呢。居然能写到书皮上，这是我没有想到的。但对方讲，是部长写上的。在短短的数行介绍文字里竟特别写上我的被爆者身份，书出版后着实让我吃了一惊。”
实际上，早在广岛原爆前四年，丸山即已通过苏联的一个报道知道了战争的结果并对此深信不疑：“《真理报》曾预言，（四一年）十二月八日的‘那场战争，日本必败’！”尽管如此，他仍未想到美国人会用杀伤力如此巨大的武器来结束这场战争。面对日本所遭受的史上第一次也可能是人类最后一次的核打击，丸山的心情是复杂的，情绪也不能自持。他尽管平素很少提及原爆体验，“然而，当我去美国说起遭遇原爆的情景时，却是十分认真的”。他认为：“关于原爆，日本无论有怎样强烈的主张，我们日本人无论说什么，他们都不会反驳。对此，我尝试过多少次了。日本人做这样的发言时，听众也都认为日本人说的是对的。所以，在这一点上，我觉得，我们的自我主张还显得很不够。”“战争的惨祸并非是单纯的一页。如果战争的惨祸真的就是单纯的一页，那么，今天就不会还有新的原爆症患者的出现，也就不会有长期的患者以至于二代被爆者今天仍会死于白血病的现实。战争虽然结束于二十四年前，但这一‘现实’却直到今天仍然持续着。对东京而言，战争惨祸已成为过去，但在广岛，却每天都在发生，也每天都在被原爆。”他暗示，让事实上已是强弩之末的日本军国主义通过其他方式降服，或许比美国人的“无差别杀戮”要人道些。
由于丸山有过特殊而短暂的军旅生涯特别是原爆体验，因此，人们在分析其学术思想体系所赖以形成的背景时，多喜欢把眼睛盯住这一点且穷追不舍，以为该体验当中应该蕴藏着丸山日后全部学术研究的立足点。然而，丸山本人对这类追问的欲言又止、含糊其辞甚至在许多场合不得不公开否定等态度表明，丸山的原爆体验对他后来的研究，尽管形成过隐形的推力，这从他接受记者采访时常常会超时大谈甚至激动或难过得无以自控等表现上不难窥见，但丸山之所以还是不同意学界对他学术思想的由来问题去管窥蠡测，问题当出在两个时间有别、性质各异的“战中”概念上。 丸山的“战中”，是从“九一八事变”到“八一五败战”的整整十五年，即日本军国主义所发动的“满洲事变”“日华事变”“大东亚战争”和“太平洋战争”的全过程;而庸常所理解的“战中”，则多半是日美交战至日本败战的三四年，且以为对丸山而言也仅仅是其“军队体验”一年不到的时间乃至于原爆瞬间。丸山把他在参谋部情报班期间的外电内容记录命名为《战中备忘录》，或许也在形式上给关注者造成过一定的误读。这里所谓“战中”，在日语中又称“战时”。一九四一年十二月十二日日本国“阁议决定”的表述是：“一、伴随此次对美英战争及今后形势之推移而发生之战争，包括支那事变在内，统称为大东亚战争;二、关于薪饷、刑法之适用诸事，平时与战时之分界时期以昭和十六年十二月八日午前一时三十分为准。”日本政界和学界的许多人，多年来亦一直承袭第二点分法，即日本的所谓“战中”，一般多指第二次世界大战（太平洋战争）而言，即从一九四一年十二月八日（美国当地时间为十二月七日）的珍珠港攻击到一九四五年八月十五日战争终结这一时段。吊诡的是，这种只把“太平洋战争”视为“战中”的观念，后来还与美国的作用密不可分。一九四五年十二月十五日，盟军总司令部（ GHQ ） 发布了“神道指令”。在这道命令中，“大东亚战争”的提法遭到禁止，“太平洋战争”的概念被推向前台。而且，即便到GHQ已完成使命的一九五二年四月以后，“大东亚战争”的概念，亦未尝复活（由井正臣：《占領期における「太平洋戦争」観の形成》等）。这显然已直接影响到学者们对那场战争的措辞：前述丸山真男发表于一九四六年五月的论文—《超国家主义的逻辑与心理》之所以使用“太平洋战争”而未用“大东亚战争”，应该是忌惮于那道“神道指令”的结果;而他在文中依然敢使用“支那事变”一词，则是因为这种表达方式尚未被GHQ 纳入禁忌（松本健一：《丸山真男：八一五革命伝説》）。美国人之所以要废止“大东亚战争”的提法而代之以“太平洋战争”，除了嫌恶日本军国主义引以为荣的亚洲殖民扩张行径外，显然还有强调美国对日宣战的决定性意义的考虑。但是，日本所发动的原本包括侵略亚洲在内的所谓“大东亚战争”，却因为易名的关系，不仅使战争的时间和空间被人为地缩短和收窄，而且，战争本身也变成了一场只对美国的战争。这就意味着，在日本人心目中曾经有过的“加害”亚洲的历史，在如此设计下亦极易被有意无意地淡忘掉（焦兵：《访韩东育：拨开近现代日本对外战争的迷雾》）。然而，丸山显然已把日本的侵华战争纳入到他的“战中”时空内，而“支那事变”云者，除了为瞒过GHQ 的书报检查外，其实也是对美国人不让再提的“大东亚战争”的一种隐蔽性表达。正因为此“战中”非彼“战中”，所以那种试图通过丸山的原爆体验来捕捉其整体学术背景和走向的想法，大多也只能流为猜测和推理（石田雄：《丸山真男との対話》）。事实上，丸山的名著《战中与战后之间》及其在别处的发言，都较为清晰地表达过他是“十五年战争”论的主张者态度：“在我入学旧制一高的一九三一（昭和六）年九月，所谓‘满洲事变’（‘九一八事变’—引者注）爆发了，这是十五年战争的开始。那些只仰赖于文献的现代史研究者，经常会受到这样的质疑，即‘满洲事变（或“柳条湖事件”）果真构成过如此重大的时代转机吗？若比起后来的卢沟桥事变，前者似乎不应该被认为曾引发过划时代的变化吧？……’毋庸讳言，全部历史都是一步步向前推进的，日本的军国化亦非例外。可根据我的实际见闻，我仍认为‘满洲事变’是一个重大的转机”，因为此后，“始于《凡尔赛和约》的国际协调主义时代已经终结，代之而起的已是民族主义时代”，（当东京剧场中出现日中上海交战的英雄形象“三勇士”在轰然的爆炸声中消失时）“相当多的观众从座位上跳了起来并连呼‘万岁’，全场也到处都是挥动日本国小旗的人。就是说，至少，为了配合现场的‘万岁’呐喊，观众来剧场前已事先准备好了小旗子”，这种“大众的民族主义昂扬情景，给我留下了深刻的印象”（丸山真男：《昭和天皇をめぐるきれぎれの回想》）。
实际上，丸山真男的“十五年战争观”，在感性的体验上，形成于与日本对外侵略过程起伏相伴的国内政治恶变中;而在理性的概括上，乃在十五年恶行积累必然会招致灭顶之灾的国际公法判决的结论中。有学者指出：“（丸山）入学旧制第一高等学校时，是‘满洲事变’发生的一九三一年。一九三四年毕业后，升学至东京帝国大学法学部，日中战争（当时称‘支那事变’）开始时即一九三七年毕业，遂成为法学部助手。完成助手论文后，于日美开战前一年的一九四0年晋升为法学部副教授。这意味着，他的学业经纬几乎与日本战争和随之而来的國内法西斯化过程同时，也表明丸山的为学环境已日益恶化。”（都築勉：《丸山真男への道案内》）这段话，把丸山真男的求学和早期治学过程还原到日本军国体制高峰期的“九一八事变”“侵华战争”“大东亚战争”和“太平洋战争”之整个黑色幕布下。这其实也在暗示某些丸山的研究者，那些就事论事的个案式推断和纯学理式的观念探讨，可能会因为忽略其学术思想的大背景，特别是他一贯始终的出发点和归结点，而只能徒增几篇捉襟见肘的“摸象者”文。
在“一高”二年级快结束时（一九三三年四月），丸山参加由父亲好友、长谷川如是闲组织的唯物主义研究会讲演会时，遭到了特高课的逮捕。在拘留所中，他不但受尽了人格侮辱和精神摧残，甚至直到战争结束前，“丸山真男”四个字都一直被记录在特高和宪兵的黑名单里（丸山真男：《一哲学徒の苦難の道》）。让他难忘的是，该时期，他在“一高”阶段的痛苦遭遇，居然被演绎成一场全国范围的政治整肃运动。丸山曾把昭和八年（一九三三）视为多重意义上的“划时代”年份。这一年，包括他在内，《治安维持法》下的被整肃人员数量竟多达四千四百八十一人！其中，一月份，无产阶级作家小林多喜二被虐杀;五月，被称为“赤化教授”的旧制京都帝国大学自由主义刑法学家泷川幸辰遭到停职处分，丸山就读于京都大学经济学部的哥哥丸山铁雄也被卷入这场大规模的抗争运动中;六月，入狱的佐野和锅山发表了“转向”宣言……这意味着，一个“大转向时代已被拉开序幕”（丸山真男：《南原先生と私―私個人の戦中·戦後の学問の歩み》）。在大学，这场运动能如此旷日持久，是因为官方在整肃人的同时还必须清理大学教学中的学术和思想，范围包括马克思主义、自由主义和立宪主义等。具有讽刺意味的是，在这个“史上最恶的受难时代”即“大学遭难期”，一向被官方视为“优秀分子云集”的东京帝国大学，亦难以幸免（丸山真男：《南原先生を師として》）。一九三五年法学部教授美浓部达吉的“天皇机关说”（即天皇不过是宪法下的最高统治机构）事件，一九三七年即“卢沟桥事件爆发”和“日中战争发生全面化重大转机”那年经济学部矢内原忠雄教授的辞职事件，翌年同学部教授大内兵卫、有泽广巳、胁村义太郎等一道被检举后的纷纷停职事件，一九三九年东大平贺让总长“平贺肃学令”下达后同学部土方成美、河合荣治郎的停职事件以及丸山亲历的津田左右吉处分事件等，竟排山倒海般纷至沓来，无法抵御（丸山真男：《南原先生を師として》）。 发生在以天皇为国体的极权主义体制下的“超国家主义”恶行，不但给被侵略国带去了深重的灾难，也给日本国民特别是追求民主自由的知识界造成了难以平复的“精神内伤”。这些不肯被官方纳入“战中”状态的对外屠戮和对内整肃事件，均无法逃脱丸山的挞伐和反省范围。他呼吁：对于外部，日本国民至少在给中国人生命、财产和文化所造成的严重破坏面前，不能全部免责;对于内部，倘若可以对“昨日”迎合邪恶统治者的国民免却罪责，那么，也就不要指望他们还会对“明天”的邪恶支配势力去做积极的抵抗（丸山真男：《戦爭責任論の盲點》）。在他看来，最应被问责的，其实是天皇。远东军事裁判没有这样做，显然不是依法办事的结果，而是政治考量的产物。然而，一个“大日本帝国”的主权者、政权总揽者、大臣任免者、统帅权掌握者和终战决定者，居然可以对日本数十年政治进程及其后果没有责任，这即便在政治伦理的常识上，也无法被接受。有人以政治傀儡为由为天皇开脱，但战争期间的天皇却并非傀儡。对一个并非傀儡的最高权力者免究战争责任，那么，那些盲目盖印的大臣之责又从何谈起呢？问题的要害还在于，天皇只负道德责任的论调中有哪些国际政治的原因另当别论，关键是日本人如何看待之。可怕的是，在国民的心目中，天皇本身已被视为“非政治的”或“超政治的”存在。如果说，将自身地位粉饰成非政治存在却能发挥最大政治功能的手法已构成日本官僚制的传统机密，那么，这一机密之集中体现者，便正是位处官僚制顶端的天皇。这意味着，确认并继续追究天皇个人的政治责任，直到今天依然是剔除日本民主化之不治之症——官僚统治方式及其精神基础的紧要课题。对此，天皇承担责任的唯一方式，就是“退位”。实际上，天皇对皇位的蒙混恋栈行为，才是战后“道义颓废”的主要原因。而人们必须认真思考的问题是，这种放任，很快就可能变成不知廉耻的日本帝国诸神死灰复燃的先兆（丸山真男：《戦爭責任論の盲點》）。
“十五年战争观”，显然并不是丸山一个人的主张，其他诸如鹤見俊辅（《知識人の戦争責任》）、家永三郎（《太平洋戦争》）、黑羽清隆（《日中十五年戦争》）、伊藤隆（日本の歴史30《十五年戦争》）、今井清一（《十五年戦争と東アジア》）、江口圭一（《十五年戦争小史》）、藤原彰（《十五年戦争史》）以及主张“十四年战争观”的秦郁彦（《昭和史を縦走する》）等，均有是论。但是，从对于邻国人民强暴史和本国精神蹂躏史的角度，把十五年战争视为天皇制为恶之渐、将原爆和“八一五”看作天皇制为恶之终的“十五年战争观”，却表现出丸山迥异于那些纯学理研究者的特别处。“八一五”之时丸山所谓“有种获救的感觉”以及《超国家主义的逻辑与心理》一文的最后一句，即“给日本帝国主义打上终止符的“八一五”这一天，也将是作为超国家主义整个体系基础的国体丧失其绝对性并从此将国运托付给首次成为自由主体之日本国民的日子”等结论，仿佛在证明一个不无反讽的看法：“麦克阿瑟（以及战后许多美国人）似乎认为，日本的错误仅仅在于它拒斥了‘现代’，而美国要做的，是把它重新拉回‘文明’。”