对来自青海湖、黄河和柴达木水系特有的青海湖裸鲤、花斑裸鲤和斜口裸鲤149个个体的Cytb基因全序列进行了测定和分析.一致的系统进化树显示,以上3个物种并未形成3个独立的单系群;而是分为3个谱系:谱系A包括青海湖裸鲤、斜口裸鲤和黄河花斑裸鲤的一部分;谱系B由黄河花斑裸鲤的另一部分组成;谱系C则由来自柴达木盆地格尔木河的花斑裸鲤形成单系群.AMOVA分析显示,大部分的遗传变异来自于谱系间(93.12%),提出该地区裸鲤属鱼类存在3个多样化谱系.青海湖裸鲤与其甘子河亚种在Cytb水平没有形成分化,不支持青海湖裸鲤为多型种,也不支持斜口裸鲤作为独立的种或作为花斑裸鲤的一个亚种.黄河花斑裸鲤有2个谱系来源,群体内的遗传分化表明,黄河上游峡谷对裸鲤的基因交流有一定的限制.黄河花斑裸鲤的另一谱系(谱系B)很可能是黄河在最近一次溯源过程中,融合了当地的土著裂腹鱼类而在遗传上留下了族源印迹.柴达木盆地花斑裸鲤形成单系群(谱系C),与黄河花斑裸鲤间高于0.98的Fst值表明基因交流在它们之间长期被阻断,暗示生态隔离可能已经使柴达木裸鲤独立进化成相当于不同的种.形态分类的鳃耙数与群体遗传变异间没有显著的相关性.种群的遗传多样性普遍较低(π=0.00096~0.00485),柴达木裸鲤很可能在历史上遭受过严重的“瓶颈效应”,提议当前应对柴达木的裸鲤给予优先保护.