中国主力油田多已进入开采中后期，其开采难度进一步增大，微生物采油技术具有成本低、效益高、绿色环保等优点，在剩余油进一步提高采收率中具有广泛的应用前景。由于对油藏微生物群落结构认识不足、激活剂配方筛选周期长等问题，限制了微生物驱油技术的现场推广应用。通过分析油藏中群落结构差异及环境因子与优势菌种间的相互作用关系，为定向激活油藏微生物提供基础数据及理论指导。通过物种组成分析、物种多样性分析、主坐标分析（principal coordinate analysis, PCoA）以及冗余分析方法对油藏高通量测序数据进行分析，结果表明A油田注水井和生产井间的物种组成差异较大，L油田的注水井和生产井间的物种组成差异不明显；在物种丰度、物种均度以及物种多样性上，A油田和L油田均表现出差异不明显情况；但在基于属水平的注水井和生产井间的物种相似性上，A油田表现出较低的相似性，而L油田则表现出较高的相似性；环境因子分析中，L油田中的微生物群落与含盐量相关性显著，而A油田中的微生物群落组成则与温度、pH和SO42-浓度显著相关。