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【目的】探讨长江野生鲤、荷包红鲤和兴国红鲤3种中国鲤的遗传变异、亲缘关系及系统进化。【方法】对3种鲤的DI，oop序列进行扩增并测序，分析其遗传多样性，并与GenBank中获取的另外5种鲤鱼的D-Loop序列一起构建进化树。【结果】3种鲤的碱基组成中A＋T含量均高于C＋G含量；T碱基含量最高，平均为33．5％；C碱基最低，平均为13．7％。在检测的3种鲤上共发现37个突变位点，其中有2个插入，28个转换，7个颠换，碱基的替换有明显偏倚。单倍型多样性指数最高的是长江野生鲤（O．984±0．019）