【摘 要】
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目的 从公共数据库筛选并探讨宫颈鳞状细胞癌的关键致病基因.方法 从GEO数据库GSE122697、GSE89657里下载宫颈组织表达谱芯片数据.利用R软件和韦恩图查找数据集的差异表达基因(DEGs)交集,进行GO和KEGG通路富集分析.利用STRING数据库构建了DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPIs)并导入Cytoscape软件进一步分析,通过CytoHubba插件和MCC算法筛选出DEGs.利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库对已初步筛选的DEGs进行验证及生存曲线分析,并进一步筛选与宫颈癌总
【机 构】
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浙江中医药大学附属第一医院医学检验科,杭州 310006
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目的 从公共数据库筛选并探讨宫颈鳞状细胞癌的关键致病基因.方法 从GEO数据库GSE122697、GSE89657里下载宫颈组织表达谱芯片数据.利用R软件和韦恩图查找数据集的差异表达基因(DEGs)交集,进行GO和KEGG通路富集分析.利用STRING数据库构建了DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPIs)并导入Cytoscape软件进一步分析,通过CytoHubba插件和MCC算法筛选出DEGs.利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库对已初步筛选的DEGs进行验证及生存曲线分析,并进一步筛选与宫颈癌总生存率相关的DEGs进行ROC分析,获得关键基因.结果 宫颈鳞状细胞癌差异基因56个,其中15个上调和41个下调.GO及KEGG分析结果显示,这些mRNA主要参与细胞核分裂、细胞外基质代谢调控等生物学进程;主要富集于细胞周期、减数分裂、PI3K-Akt信号通路、ECM受体相互作用通路等.通过PPI网络中筛选出18个核心基因,并在TCGA数据集中得以验证,生存曲线分析的结果表明18个差异基因中的ASF1B基因对宫颈癌患者生存预后具有显著影响[HR=0.437(0.272～0.704),P<0.01],ROC分析的结果表明其对宫颈癌患者具有很好的诊断价值(AUC=0.998).结论 本研究通过综合生物信息学分析,有望为宫颈癌诊断和预后提供可靠的分子生物标志物和治疗靶点.
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