为揭示牡蛎冷藏过程中微生物群落结构的变化规律,采用高通量测序技术对冷藏0、4、8 d牡蛎的菌群进行分析。结果表明高通量测序可以全面反映牡蛎中菌群的物种组成及丰度信息。牡蛎体附着的细菌以变形菌门(Proteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、弧菌目(Vibrionales)为主。在科的分类水平上,主要是弧菌科(Vibrionaceae)、希瓦氏菌科(Shewanellaceae)和交替假单胞菌科(Pseudoalteromonadaceae),其中初始样品以Vibrionaceae为主,比例达36.8%;第4天样品Pseudoalteromonadaceae比例相对较高;第8天样品同样以Pseudoalteromonadaceae为主,而Shewanellaceae比例明显增加,达到19.5%。在属的分类水平上,在牡蛎初始菌群中比例前三位依次为弧菌属(Vibrio)、希瓦氏菌属(Shewanella)和交替假单胞菌属(Pseudoalteromonas),其中Vibrio在冷藏前期比例迅速下降;Shewanella和Pseudoalteromonas在系统进化关系上较为接近,在冷藏后期比例占优,可能在牡蛎腐败过程中起到重要作用。研究结果可以为牡蛎的贮运保鲜策略提供参考。