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全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)是近年发展起来的用于研究复杂性状的一种有效方法。迄今,国内外学者已运用GWAS方法对一些农作物的重要农艺性状开展了研究。研究不仅丰富了分子标记,而且为揭示复杂农艺性状的分子机理提供了新思路。本文介绍了全基因组关联分析的流程及原理,就其在作物农艺性状研究中的应用进行了总结,并提出了目前面临的问题及改进措施。