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采用TCA-丙酮沉淀法，改良优化了棉花蛋白质组研究中的双向电泳技术．通过对根和子叶全细胞蛋白的提取、蛋白的溶解、胶条的选择及电泳等环节的优化，得到了重复性很高、分辨率很好的蛋白质图谱．进一步对5d苗龄的棉花进行4℃低温处理12h后，提取子叶的蛋白质，利用双向电泳技术分离全细胞蛋白．并用PDQuest软件分析比较棉花子叶在低温处理下的蛋白表达谱，得到了49个有显著差异的蛋白点．其中，低温处理上调表达的蛋白点有27个，减弱表达的蛋白点有22个，推测这些差异蛋白点可能与低温胁迫相关．