【目的】本世纪首次流感大流行的病原属于甲型H1N1流感病毒,在遗传特性和抗原性等方面都有别于人群中流行多年的季节性H1N1流感病毒。为了深入了解病毒的遗传特性,跟踪病毒的演化趋势,及时发现具有流行病学意义的变异株,本研究对早期分离的甲型H1N1(2009)病毒的分子特性进行了详细分析。【方法】通过GenBank的流感资源中心下载相关毒株的基因组信息,序列分析采用DNAStar软件包的EditSeq和MegAlign,比较与病毒致病性和宿主特异性相关的氨基酸变化情况。以A/California/07/2009(H1N1)作为新甲型H1N1(2009)的早期代表株进行详细的分子特征分析。【结果】A/California/07/2009不具备高致病性流感病毒的分子特征;病毒编码的11个蛋白大部分保留有猪流感病毒的分子特征,同时也具有一些禽和人流感病毒的特征;PB1-F2在11aa,57aa和87aa后发生断裂,具有古典猪H1N1和人H1N1双重特点,这是甲型H1N1(2009)病毒一个特有的分子特征。【结论】首次详细分析了新甲型H1N1(2009)病毒的分子特征。随着病毒在人群中的进一步适应和持续存在,这些分子特征将发生变化,应该特别关注这些变化对病毒的传播力和致病性的影响。