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2005年以来，二代测序平台和测序技术越来越普及，被广泛用于新病毒和未知病原体的发现，从未经培养的复杂样本中筛查病毒类病原体需要更多的前期处理措施。我们围绕高通量测序所涉及到的测序样本预处理方法和扩增方法做简要总结：样品类型分为无菌样本和开放样本；病原体类型包括病毒、细菌、真菌等；背景核酸去除的常用方法包括物理分离、核酸酶消化和几种rRNA去除的方法；常用的微量样本非特异性扩增方法包括随机引物PCR、SISPA技术、锚定随机引物PCR、RCA技术、MDA技术和NASBA技术。