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目的
肝细胞癌是具有不同临床表现和分子生物学特征的异质性疾病，本研究比较甲胎蛋白(alpha-fetoprotein, AFP)阴性和AFP阳性肝癌的mRNA表达谱差异，并进行生物信息学分析。
方法采用安捷伦4×44k基因芯片平台，检测合并乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)感染的20例AFP阴性和20例AFP阳性肝癌组织的mRNA表达谱，用生物信息学方法进行差异基因分析及GO Pathway分析，并用real time PCR验证芯片结果。
结果通过表达谱芯片分析，在AFP阴性和AFP阳性肝癌组织中发现352个差异表达基因。主成分分析及GO Pathway分析显示，AFP阴性肝癌组织高表达基因62个，主要参与细胞凋亡和程序性死亡等过程，AFP阳性肝癌高表达基因290个，主要参与有丝分裂和细胞周期等过程。real time PCR验证差异基因LAMB3和STARD5的表达，结果与表达谱芯片结果一致。
结论AFP阴性肝癌和AFP阳性肝癌基因表达特征不同，提示不同AFP水平的肝癌的发生和发展存在不同的分子机制。