融合基因芯片数据上下文特定网络的重构

来源 :北京生物医学工程 | 被引量 : 0次 | 上传用户:dreambox007
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目的在特定类型细胞或特定环境条件下,已有的全基因组代谢网络中的部分反应并不参与到实际的代谢过程中。为反映特定条件下生物体代谢系统的工作状态,本文提出一种重构上下文特定网络的新方法,用来构建特定条件下的代谢网络。方法首先根据基因芯片数据中蕴含的PACalls信息,南基因-酶-反应之间的调控关系,计算出在表达层面上为“Absent”状态的反应集合。然后使用一个?昆合整数规划模型,从全基因代谢网络中删除表达为“Absent”状态的反应及其关联反应,在满足计量平衡等约束条件下.寻找与表达层面吻合最优的网络,即为特
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