核磁共振的优势
　　核磁共振检查常常比cT能更有效和更早地发现病变。它能非常清晰地显示脑和脊髓的灰质和白质，故在神经系统疾病的诊断方面优于CT，对颅脑、脊柱和脊髓疾病的显示优于CT：核磁共振可根据需要直接显示人体任意角度的切面像，可以直接作出横断面、矢状面、冠状面和各种斜面的体层图像；而CT只能显示与身体长轴相垂直的横断层像；核磁共振有高于CT数倍的软组织分辨能力，图像中对于软组织的对比度可以提高1～3个等级度，大功率的核磁共振机器拍摄的照片非常清晰，甚至可以看到组织内的细小血管：核磁共振不会像CT那样产生对人体有损伤的电离辐射，对机体没有不良影响，甚至孕妇接受核磁共振检查时对胎儿也无任何不良影响：核磁共振漏诊率比CT低；核磁共振不用造影剂就可得到很好的软组织对比度，能显示血管的结构，故对血管、肿块、淋巴结和血管结构之间的相互鉴别有其独到之处，而且还避免了造影剂可能引起的过敏反应：核磁共振不会产生cT检测中的骨性伪影，能使脊柱中的脊髓及神经根显像清晰，还有可能检查出由于缺血引起的组织损伤等等。
　　核磁共振几乎适用于全身各系统的不同疾病，如肿瘤、炎症、创伤、退行性病变以及各种先天性疾病的检查，在脊柱外科更有其广泛的适应证，应用范围大大超过CT检查，诊断价值明显优于CT。过度CT检查对人体辐射的危害是明显的，同X线检查一样，做CT检查时医生应对非检查部位进行保护，如甲状腺、乳腺、睾丸等敏感部位。一般来说，每年做CT检查不要超过1-2次，特别是儿童。
　　CT的优势
　　核磁共振也存在不足之处，与CT相比主要其不足之处包括成像时间较长，当前全身成像15个断层面需要13分钟；空间分辨率低，仅为2毫米，活动使分辨率更低，故诊断心脏等活动性器官效果较差：显示骨组织的能力比CT要差，在观察颈椎骨刺、韧带钙化及椎管狭窄等骨组织的退变情况时，不如cT清楚，但在显示这些骨组织退变后的改变对脊髓神经根的压迫方面优于CT：由于铁金属的磁场反应，使带有心脏起搏器的患者或体内有某些金属的部位不能作核磁共振的检查，如脊柱及其他部位内固定术后、人工关节术后、外科手术使用缝合器以后、带有金属避孕环的妇女以及安装有假牙等，以及其他体内存有金属异物等情况者。不过，由于钛金属没有磁场反应，目前在骨科内固定手术中正在逐步推广的钛金属内固定物可以接受核磁共振检查：核磁共振检查费用一般高于CT。
　　根据病情做选择
　　神经系统（包括脑和脊髓）、腹部实质性器官（如肝、胰、脏等）、乳腺、身体各个部位关节以及全身的软组织等的病变，宜选择核磁：对肺、胃肠这样的合气器官，或者想了解心脏、冠状动脉的情况，CT检查是首选：骨质部位的检查宜做CT检查；对于脑出血性疾病，要尽快做CT检查以明确诊断；虽然核磁对脑出血也能确诊，但检查时间相对较长。若怀疑是急性脑梗死，则要马上做核磁，因为急性脑梗死发生的12小时之内，CT难以发现病变，而核磁在发病30分钟左右就能准确确定病变部位。