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学科背景南航MBA依托的经管学院设有“管理科学与工程”博士后科研流动站和“管理科学与工程”，“系统工程”两个博士点；管理科学与工程、工业工程、工程与项目管理、企业管理、技术经济及管理、行政管理等16个硕士点。近年来，学院承担国家和省部级课题、国际合作项目以及横向协作课题110余项。在系统工程、工业工程、企业管理和产业经济与管理、科技与创新管理、圈防软科学等领域形成了较强的优势和特色。