【摘 要】
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为揭示流感病毒在环境中的生存能力,本文提出了一种基于评价流感病毒的生物多样性指标,研究流感病毒大流行的规律。基于1902-2016年的99 861条流感病毒的血凝素蛋白质序列,提
【机 构】
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江南大学理学院,江南大学无锡市生物计算工程技术研究中心
【基金项目】
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国家自然科学基金资助项目(11371174);国际科技合作研究项目(2011DFR70500)
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为揭示流感病毒在环境中的生存能力,本文提出了一种基于评价流感病毒的生物多样性指标,研究流感病毒大流行的规律。基于1902-2016年的99 861条流感病毒的血凝素蛋白质序列,提取40维特征向量,并采用层次聚类方法获取流感病毒每一年的最优聚类数。进而,基于生物多样性的评价指标,计算出每一年的种群熵值,以表达流感病毒的生物多样性和种群熵变化率,从而衡量流感病毒的变异速率。结合历史数据,通过种群熵评价流感病毒的生物多样性能够与已发生的流感暴发时间很好吻合。以上研究可为流感病毒的暴发预测提供依据。
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