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运用生物信息学软件对GenBank中收录的30株新城疫病毒（NDV）全基因组序列间的差异和它们对应的F基因片段22～420核苷酸序列间的差异进行了分析。发现这些差异高度相关（r=0．937），该片段可作为区分NDV野毒和疫苗毒的指纹序列。据此设计了1对扩增用简并引物（其中一条用于PCR产物的直接测序），建立了RT—PCR-测序技术，并测得2个参数：NDV标准疫苗指纹序列库和指纹序列的变异参数。在此基础上，开发出多功能自动分析软件，通过对该指纹序列的分析，不仅可以区分NDV疫苗毒和野毒，还能同步测定这些病毒