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以准噶尔—伊犁生态群(新疆野杏)、中亚生态群(新疆栽培杏和李光杏)、欧洲生态群和华北生态群的45个普通杏品种或材料为试材,以梅杏、辽梅杏和辽杏为外组,利用荧光AFLP标记对普通杏4个生态群的群体遗传结构进行了研究,结果表明:7对EcoRⅠ/MseⅠ引物(其中MseⅠ引物为FAM荧光标记物)平均扩增多态带数为130.86,平均多态带百分比为60.58%。4个生态群的多态带百分比比较表明:准噶尔—伊犁新疆野杏生态群(P=43.59%)>中亚南疆栽培杏生态群(P=41.27%)>华北生态群(P=39.42%)>欧洲生态群(P=39.42%)>中亚李光杏生态群(P=37.57%);普通杏在种级水平Neis基因多样度(H=0.143)和Shannon信息指数(I=0.226)显著或极显著高于群体水平。在群体水平上,准噶尔—伊犁新疆野杏生态群的Neis基因多样度和Shannon信息指数(H=0.131;I=0.202)高于中亚生态群(南疆栽培杏)(H=0.127;I=0.195)、欧洲生态群(H=0.124;I=0.189)和华北生态群(H=0.116;I=0.180),但无显著性差异,显著高于中亚李光杏生态群(H=0.113;I=0.173);普通杏4个生态群的遗传分化系数(GST=0.147)显示,普通杏的遗传变异主要存在于群体内,占总变异的85.3%;通过遗传分化系数计算得GST基因流Nm=2.901,说明普通杏4个生态群存在适度的基因交流,人为引种可能是产生基因交流的主要原因,而地理隔离可能是阻碍基因交流的主要因素。对普通杏4个生态群的群体遗传多样性和群体遗传结构的分析初步认为,普通杏起源于准噶尔—伊犁新疆野杏生态群,通过人为驯化,在新疆南部形成栽培杏中心,并形成中亚南疆栽培杏生态群,之后通过人为引种向东传播形成华北生态群,向西传播形成欧洲生态群。