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根据已发表的H5N1亚型禽流感病毒的HA基因全序列，设计了1对引物，对禽流感病毒新疆株A／Goose／）（JYL／10／2003（H5NI）提取RNA，经RT-PCR扩增后将其克隆到pMD18-T栽体上，获得长为1758bp的HA全基因序列。序列测定后。分析结果表明，本试验株与广东、香港和东南亚等不同地区的H5N1禽流感病毒HA的枉甘酸序列的同源率很高。其氨基酸切割住点附近具有高致病性禽流感病毒的特征。系统进化树分析表明，新疆株为独立分支，属于欧亚种系。