【摘 要】
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目的 优化高通量16S rRNA标签测序法,有针对性地获取尘肺病患者肺部菌群结构信息.方法 采集3例尘肺病患者的9份肺部肺泡灌洗液,采用十六烷基三甲基溴化铵法(CTAB)法提取肺泡灌洗液基因组DNA,扩增16S rRNA V4区域并进行NovaSeq 6000测序以及测序数据生物学分析.结果 CTAB法得到16S rRNA扩增产物符合质检,标签测序法得到的去嵌合体序列(effective tags)占比均在74.56％以上,测序深度达6000条时渐进合理,可获取各样本物种合理的丰富度和均匀度,并注释物种,
【机 构】
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广州市第十二人民医院职业环境与健康重点实验室,广东广州510620;南方医科大学南方医院放疗科,广东广州 510515
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目的 优化高通量16S rRNA标签测序法,有针对性地获取尘肺病患者肺部菌群结构信息.方法 采集3例尘肺病患者的9份肺部肺泡灌洗液,采用十六烷基三甲基溴化铵法(CTAB)法提取肺泡灌洗液基因组DNA,扩增16S rRNA V4区域并进行NovaSeq 6000测序以及测序数据生物学分析.结果 CTAB法得到16S rRNA扩增产物符合质检,标签测序法得到的去嵌合体序列(effective tags)占比均在74.56％以上,测序深度达6000条时渐进合理,可获取各样本物种合理的丰富度和均匀度,并注释物种,分析各层级占主导地位的优势菌属,可有效进行肺泡灌洗液菌群Alpha和Beta多样性分析.结论 优化版16S rRNA标签测序法可准确分析尘肺病患者肺部菌群结构信息,也可能适用于微生物组分析、快速鉴定及耐药性分析.
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