【摘 要】
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对艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系和活性位抑制剂体系进行8ns的分子动力学模拟，用MM—PBSA方法分别计算了抑制剂与蛋白酶的结合自由能。异位抑制剂体系中抑制剂与蛋白酶的结合
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对艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系和活性位抑制剂体系进行8ns的分子动力学模拟，用MM—PBSA方法分别计算了抑制剂与蛋白酶的结合自由能。异位抑制剂体系中抑制剂与蛋白酶的结合自由能为-90．30kcal／mol，活性位抑制剂体系中为-59．58kcal／mol。在异位抑制剂体系中分子片段4DX卡在蛋白酶的exo位，使蛋白酶活性位点附近残基的活动范围减小，有利于抑制剂被束缚在活性位点附近。异位抑制剂使体系刚性更强，更稳定，抑制剂与蛋白酶的结合更为牢固。
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