2009年7月（丰水期）和12月（枯水期）分别对沙田水库4个样点进行浮游植物采集。检测出浮游植物58种（含变种）,隶属7门8纲18目31科46属。丰、枯水期均出现的优势种分别为史氏棒胶藻（Rhabdogloea smithii）、铜绿微囊藻（Microcystis aeruginosa）、微小多甲藻（Peridinium pusillum）、小球藻（Chlorella vulgaris）;仅在丰水期形成的优势种分别为简单棕鞭藻（Ochromonas simplex）、梅尼小环藻（Cyclotella meneghiniana）、针形纤维藻（Ankistrodesmus aciculars）和柯氏并联藻（Quadrigula chodatii）;而枯水期形成的优势种分别为分歧锥囊藻（Dinobryon divergens）、水溪绿球藻（Chlorococcum infusionum）。丰、枯水期丰度分别为（8.36±1.37）×105 cell·L^-1和（3.60±1.81）×105 cell·L^-1;生物量分别为1.34±0.55 mm³·L^-1和0.43±0.43 mm³·L^-1;Shannon-Weaver多样性指数变化范围在1.25—2.75之间,丰、枯水期水质分别为中营养和富营养水平。与2000年结果比较,浮游植物群落的物种组成由绿藻型更替为绿硅藻型,丰度组成由蓝-绿藻型更替为绿-蓝-甲藻型;清洁水体的优势种消失/减少,耐污种类优势种增加,其中绿藻优势种存在向小型、单细胞种类更替的趋势。