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箬寮岘自然保护区有蕨类植物38科69属153种（包括亚种和变种）,其中优势科是鳞毛蕨科、水龙骨科、金星蕨科、蹄盖蕨科、铁角蕨科、卷柏科,优势属是鳞毛蕨属、铁角蕨属、卷柏属、复叶耳蕨属、凤尾蕨属和短肠蕨属。属的分布类型以泛热带分布最多;种类以东亚分布类型和特有成分为主,表现为亚热带向暖温带过渡特点。在区系关系上,该区系与九龙山、古田山、天目山、庐山、武夷山区系关系密切,而与苍山、西山、太行山、帽儿山区系关系较为疏远。区系属于东亚植物区系。