当前，加强知识产权保护、提高自主创新能力，已经成为加快转变经济发展方式，实施创新驱动发展战略的内在要求。但《专利法》的实施情况还不能适应上述要求。2014年，全国人大常委会开展了专利法执法检查工作，指出《专利法》实施中存在下列突出的问题：专利质量总体上还处在较低水平，专利保护实际效果和创新主体的期待存在较大差距；专利运用能力不足，专利的市场价值没有得到充分体现；专利公共和社会服务能力不强，与快速增长的社会需求之间还存在很大的差距。
　　《专利法》第四次修改应当以执法检查和司法实践中发现的问题为导向，以行政执法和司法的关系、专利复审委员会的定位等基本问题的分析为基础，推动专利权保护制度的完善。但《专利法》第四次修改自2012年被纳入国务院立法计划以来，引发了理论界和实务界的大量争议，表明此次修改中涉及到的很多问题不仅仅是条文的修改，而是涉及更深层次的问题，关系到专利制度的有效运转，需要回本溯源，进行深入研究。
　　专利侵权民事诉讼与无效行政诉讼并行的“二元制”程序架构是制约专利侵权纠纷审判效率的重要原因，但本次《专利法》修改送审稿未对这一问题加以实质解决。课题组通过对专利复审委员会的法律定位、宣告专利无效案件的诉讼模式等问题进行研究，提出了三种解决方案。此外，为从根本上解决专利维权周期长的问题，可以赋予被控侵权行为人在侵权诉讼中以专利权无效作为抗辩事由的权利，侵权案件的审理法院可在侵权案件中审理专利权效力的问题，但该裁判结果仅在该个案中有效。为解决各地方法院针对专利权效力的审查判断标准统一的问题，应建立全国统一的知识产权上诉法院予以保障。
　　专利权“双轨制”保护模式是我国《专利法》在立法时出于当时司法资源紧缺等因素而作出的特殊安排，随着司法资源的完善，应逐步取消行政机关对专利权这一私权的行政执法权，强调司法保护专利权的主导作用。但本次《专利法》修改送审稿不仅没有回归私权保护的本源，而且更加强化和扩大了行政机关的保护职能。课题组认为，应借本次《专利法》修改之机，厘清行政权和司法权在专利权保护中的作用，让作为一种民事权利的专利权保护完全回归司法保护的范畴。当然，为充分发挥行政机关的职能，可以赋予行政机关在经双方当事人同意的情况下对专利侵权纠纷进行行政调解、行政仲裁的职能。
　　為彻底解决专利侵权诉讼中权利人“举证难”的问题，课题组建议在立法层面建立知识产权诉讼证据开示制度，设置完整的程序和规则，赋予当事人披露相关事实和证据的义务，明确法律责任，确保最大限度查明案件事实。此外，在现有法律框架下，完善举证妨碍制度的配套规定，合理分配举证责任，建议将关于举证妨碍制度的设置扩展到整个诉讼程序，而不是仅仅局限在确定赔偿数额阶段。
　　《专利法》修改送审稿第八十五条只约束中国国家标准的参与者即国家标准专利的权利人，国际标准的权利人由于未参与中国标准制定而可以不受约束，对我国企业的创新发展不利。该条并未规定禁令、FRAND许可等重要内容，针对标准必要专利情形专门引入的“默示许可”制度则与实际情况存在着差距，很可能导致标准必要专利权人与标准实施者之间利益的失衡。相关立法说明中否定权利人诉权，并将原本属于私权纠纷的许可使用费纠纷交由地方人民政府专利行政部门裁决，更是与当前世界主流的司法解决途径大相径庭。基于此，课题组对《专利法》修改送审稿第八十五条提出两种建议方案：一是删除该条款，在专利法中不专门规定标准必要专利问题，将相关纠纷留给法院在个案中进行处理。二是删除该条款，但在《专利法》各具体条款或章节中增加与标准必要专利相关的内容。