1926年，由于德高望重的蔡元培先生鼎力推荐，加上前期回国的同窗好友王代之的大力助选，远在欧洲的林风眠竟然以得票第一被任命为国立北京艺专校长——据说，这是当时全世界最年轻的艺术院校校长。
　　1926年早春，26岁的林风眠乘船回国，随后进京赴任。为了“调和中西艺术”，林风眠使出了两个奇招：一是把木匠出身的“乡巴佬”齐白石请进艺术殿堂任教，二是从法国请来名画家克罗多（Claudot）来校讲学。
　　然而，他的努力并不顺利。齐白石的到来引发了一些国画教授的抵制，有人扬言：“齐白石从前门进来，我们从后门离开”；而克罗多提出展览会要取消中西绘画界限的建议被林风眠采纳之后，同样遭到众多画家的反对。不过，年轻气盛的林风眠不为所动，坚持强力推行自己的艺术主张。1927年5月11日，林风眠发起并组织的“北京艺术大会”在北京国立艺专开幕了。此次展览的2000多件展品第一次以中西混合的陈列方式展出。这是中国有史以来规模最大、品种最全的一次艺术大展。按照林风眠的设想，这次大展要仿照法国沙龙，成立审查委员会评选作品。但终因画界门户之见太深而被迫取消，这使他的“艺术运动”从一开始就打了折扣。
　　是年7月，林风眠愤然辞职。1927年9月，应蔡元培的邀请，林风眠南下南京就任中华民国大学院艺术教育委员会主任委员；同年年底，受委托筹办“国立艺术大学”；随后，蔡元培在杭州西湖之畔选定了民国最高等级的美术学院——国立艺术院的校址，接着，林风眠被任命为校长兼教授。这是林风眠得到的又一次实现“艺术救国”的良机。
　　1928年4月8日，国立艺术院（1929年改名为国立杭州艺术专科学校）举行了开学典礼。杭州艺专的教育方针，体现了林风眠的一贯主张：介绍西洋艺术；整理中国艺术；调和中西艺术；创造时代艺术。
　　然而，理想与现实的矛盾总会在不经意间悄然袭来，令林风眠进退维谷。在杭州艺专的发展历程中，有两件事是不能回避的：一件是林风眠与潘天寿的中西画系分合之争，另一件则是“西湖一八艺社”的分裂。
　　林潘的这次艺术爭论，缘自林风眠依照“调和中西”的设想，提出要把国画系与西画系合并的动议。潘天寿则持相左意见，他认为东西绘画体系如同两座独立的大山，可以互取所长互相沟通，但如果随便吸收的话，则只能是各取所短。
　　相形之下，“西湖一八艺社”的分裂则更具有历史的典型意义。建校之后，林风眠在创建“艺术运动社”的同时，也支持学生自发结社，讨论学术问题。于是，各种学生社团纷纷建立，“西湖一八艺社”就是其中最著名的一个。1930年春天，“西湖一八艺社”在上海举行首次公开展览，在展后举行的座谈会上，许幸之大力倡导“普罗”美术，并推重“为人生的艺术”这一富于时代特色的口号。而另一部分社员立即表示反对，他们认为“普罗”美术的提法，违背了林校长倡导的“为艺术而艺术”的宗旨。这场争论的激烈程度远远超过了林潘二人的学术之争，最终导致“西湖一八艺社”的分裂——一部分拥护“普罗”美术的社员，删掉了“西湖”二字，以“一八艺社”的旗号加入了鲁迅在上海刚刚掀起的左翼美术运动。这对林风眠在学校所倡导的“艺术至上”观念，客观上不能不说是一次不小的冲击。
　　渐渐地，人们发现一度激情四溢的林风眠校长开始变得沉默了，对于分裂出去的“一八学社”，他既不支持、亦不反对，放任自流。他的注意力艺术改造社会的运动，逐渐转移到绘画艺术的探索和变革上来了。
　　门户之见，艺术与政治的纠缠对林风眠而言是极大的消耗。推广自己的艺术理念困难重重，他只好退而求其次，不求马上改造社会，只求完成自己的艺术探索，证明自己的道路是可行的。