通过对中央部门预算执行的审计,审计监督在促进部门预算改革方面取得了一定成就,但随着我国财政体制全面深化改革不断推进,中央部门预算执行仍然面临诸多挑战:如预算支出安排粗放,管理不到位;预算编制范围窄,涵盖不完整;预算管理主体较多,财权不统一;项目预算的编制不细化,资金使用效益不高;决算(草案)编制不规范,不能与预算很好衔接。针对部门预算执行面临的挑战,应明确部门预算执行审计在新时期发展的方向:实行部门预算执行审计全覆盖,促使部门预算执行全面规范;促进部门预算管理规范公开,推动中央部门简政放权和职能转变;探索预算绩效审计,促进预算绩效目标的实现;做好决算审计工作,促使预决算审计有效衔接;强化财政政策审计评估,促使预算制度制定与政策实施合理;加强对中央部门权力运行审计监督,促使中央部门权力运行规范。最后,为实现部门预算执行审计发展方向,促使部门预算制度进一步完善及部门权力运行规范,完善部门预算执行审计实现路径——嵌入式审计。