目的 基于超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱（UPLC-Q-TOF-MS）指纹图谱和分子对接技术，确定藿香正气水（Huoxiang Zhengqi Shui,HZS）抗新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的潜在质量标志物（quality markers,Q-Marker）。方法对27批HZS样品建立UPLC-Q-TOF-MS指纹图谱，结合化学计量学方法，筛选出HZS的差异性成分；以瑞德西韦为阳性对照，将HZS的差异性成分与SARS-CoV-2主蛋白酶（main protease,Mpro）进行分子对接，进一步确定HZS的潜在Q-Marker。结果 通过建立27批HZS样品的UPLC-Q-TOF-MS指纹图谱，标定了27种共有化合物；结合层次聚类分析（hierarchical clustering analysis,HCA）和主成分分析（principal component analysis,PCA），确定了其中14种共有化合物在27批HZS样品中具有较大的差异性，并鉴定出了橙皮苷、氧化前胡素、新比克白芷内脂、甜橙素、甘草酸、3,5,6,7,8,3′,4′-七甲氧基黄酮、桔皮素、欧前胡素、珊瑚菜素9种差异性化合物；9种差异性化合物的分子对接结果显示，橙皮苷、氧化前胡素、新比克白芷内脂、甘草酸、欧前胡素、珊瑚菜素6种化合物能与SARS-CoV-2 Mpro的活性氨基酸结合，具有抑制SARS-CoV-2 Mpro的潜能，可作为HZS的潜在Q-Marker。结论 将UPLC-Q-TOF-MS指纹图谱、化学计量学分析和分子对接技术交叉使用，确定了HZS的潜在Q-Marker，该方法为药物成分鉴定、同一类药物成分差异性分析，及其功效研究方面提供一定参考。