目的了解南京市网络直报系统和结核病专报系统报告肺结核患者的特征,比较两者差异并探讨原因。方法对2009-2013年两大监测系统报告的肺结核患者进行描述和比较分析。结果 2009-2013年南京市肺结核报告发病率和登记报告率均呈下降趋势,其EAPC值分别为-20.02%和-19.09%;涂阳患者的报告发病率和登记报告率亦均呈下降趋势。2009-2013年南京市网络直报系统中菌阴病例构成比和结核病专报系统涂阴病例构成比均呈上升趋势;涂阳比例呈下降趋势。2009-2013年南京市网络直报系统肺结核报告发病率与专报系统登记报告率的差值绝对值总体呈现缩小趋势,计算得EAPC值=-70.42%(P<0.05)。结论由于监测数据统计时间不同和结防工作中的不足,两大监测系统报告的肺结核患者数不完全一致。应进一步规范医疗机构对患者的诊断、报告和转诊工作,加强医防合作和提高追踪工作的质量,两大监测系统报告数据的差异会逐步缩小。