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核苷酸序列分析结果表明，小麦黄色花叶病毒不同分离物的外壳蛋白基因存在一定芭州分离物ＣＰ基因在其３１－３３ｎｔ处均缺失子３个核苷酸，其余分离物与潢川分离物及日本分离物长度一致，均为８８２ｎｔ。不同分离物ＣＰ基因核苷酸序列同源性为９７．３％－９８．９％，由此推导的氨基酸序列同源性为９７．６％－９９．３％，外壳蛋白Ｎ末端的１１０个氨基酸和Ｃ末端的５５个氨基酸在各个分离物间是高度保守的。