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哺乳动物神经系统的转录组学研究，可以从分子水平分析基因表达模式，并作为细胞形态学和电生理学等传统研究方法的补充。传统的多细胞转录组测序只能获取细胞群体的平均特征，掩盖了单个细胞之间的异质性。单细胞转录组测序可以分析神经系统中的基因表达、发现其中的可变剪切和新转录本，为神经系统的分子分类以及探究神经退化机制等方面带来更深层次的见解。本文从不同的角度综述了最新的单细胞转录组测序方法，讨论了各个方法的适用性，着重对单细胞转录组测序在神经系统中的应用现状进行了详细阐述。