【摘 要】
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7个α跨膜螺旋组成的螺旋束是G蛋白偶联受体的最主要拓扑特征,其三维结构的预测精度直接影响完整受体的三维结构预测、配体对接及功能分析的准确性.近期许多研究小组提出了各
【机 构】
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苏州大学计算机科学与技术学院,苏州大学江苏省计算机信息处理技术重点实验室,苏州科技学院电子与信息工程学院
【基金项目】
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国家自然科学基金“蛋白质柔性对接计算机模拟方法研究”(61170125);江苏省自然科学基金“GPCR跨膜螺旋结构预测的计算方法研究”(BK20131154)资助
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7个α跨膜螺旋组成的螺旋束是G蛋白偶联受体的最主要拓扑特征,其三维结构的预测精度直接影响完整受体的三维结构预测、配体对接及功能分析的准确性.近期许多研究小组提出了各种方法,同时也遇到了一个共同的问题：采样时难以在7个跨膜螺旋结构的保守性与局部多样性之间获得平衡，其实质是未将两者统一到一个系统模型中.文中针对跨膜螺旋的空间结构特点,建立了兼顾保守性与多样性的结构拓扑模型,并利用该模型形成了4阶段的结构优化方法,试图获得采样广度与深度的平衡.同时,引入基于结构拓扑的能量项与约束,起到了优化评判标准和剪裁采样空
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