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针对基因表达数据高维、高噪声等特点,提出了一种基于正交约束的负矩阵分解算法;该算法将正交约束引入到β散度矩阵分解的准则函数中进行优化求解,用梯度下降方法得出矩阵分解的乘积迭代规则,并利用分解项来降低特征空间的维度,将得到的向量用于K均值聚类;实验中选择5种肿瘤基因表达数据,实验结果表明：改进的算法分解所得矩阵在聚类效果上明显优于其他的方法.