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采用AFLP技术对我国38种石斛属植物进行亲缘关系分析，从64对选择性引物中筛选出8对引物组合，共扩增出1644个位点，其中多态性位点1639，占总扩增位点的99．7％，说明我国石斛属植物遗传多态性水平很高。聚类分析结果表明，石斛组和黑毛组并没有形成独立的分支；剑叶组和圆柱叶组植物共同构成一个分支，并与其它组之间的相似度较低，说明该两组与其它组之间的亲缘关系较远；禾叶组、草叶组和叉唇组均形成独立的分支，有向各自的演化方向发展的趋势。国产石斛属植物亲缘关系比较复杂，并非是一个单系类群，可能存在一些并系类群或