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通过农杆菌和直接DNA转移技术所获得的转基因植株都具有复杂的转基因座位，转基因整合染色体和染色体区段是随机的，但组织培养的选择作用表现为非随机性，偏向整合于染色体的基因富集区。转基因座位除少数含有完整的单拷贝转基因之外，大多数转基因座位中外源转基因片段、基因组片段和填充DNA相间而存在。转基因座位中转基因及基因组DNA片段产生缺失、重复和染色体的重排，转基因的完整性对转基因表达具有重要作用．